锦鲤生命力较强而较少发病，但要做好养殖池和鱼体的消毒工作。定期施用生石灰，敌百虫等，对发病鱼应及时诊断和治疗。其常见病的治疗如下：
一、肠炎病
病鱼食欲降低，行动缓慢，常离群独游，鱼体发黑，腹部膨大，肛门外凸红肿，挤压腹壁有黄红色腹水流出。防治可用磺胺甲噁唑按100毫克/千克鱼体重伴饵投喂病鱼，连续5天，第1天药量加倍，或喂食含有大蒜粉的饲料。
二、水霉病
病鱼体表或鳍条上寄生有灰白色如棉絮状的菌丝。口服维生素E，每10千克鱼体重每天用0.4～0.6克投喂，可增强抵抗力。对病鱼可用400～500毫克/升食盐溶液和400～500毫克/升碳酸氢钠溶液合剂喷洒。
三、竖鳞病
病鱼体表粗糙，鳞片竖起，鳞基水肿。防治方法：①用20克/升食盐水溶液浸洗鱼体5～15分钟，每天1次，连浸3～5天。②磺胺嘧啶内服：先把病鱼养在5克/升食盐水中，停食2天，移入清水中，每尾鱼投喂0.2克，隔天1次，连服5次。
四、小瓜虫病
病鱼体表、鳍条和鳃上有白点状的囊泡，严重时病鱼全身皮肤和鳍条布满白点和覆盖着白色的粘液。发病初期将水温提高2～4℃，突然升温使小瓜虫死亡，达到不药而愈的目的。如果水温初期在27℃以上，锦鲤仍患病，可用10～15毫克/升的福尔马林加1～2毫克/升的亚甲基蓝全池泼洒，隔天1次，连用2～3次。
五、指环虫病
指环虫寄生于鱼的体表和鳃丝上，鳃瓣浮肿，灰白色。防治可用0.2～0.4毫克/升浓度的晶体敌百虫溶液全池泼洒。也可用0.2毫克/升浓度的高锰酸钾溶液浸洗鱼体，时间10～30分钟。
