细菌是小丑鱼的大问题，开始一般很难发现患了什么病，可以用相应的人用抗菌素治疗，但康复可能性很小。
1、结核病
这种病菌非常常见，在体外发病的，在皮肤上会出现一些块状淡色云斑。而体内发病的，在内脏中有黄色损伤。这种病多为慢性病，初期失去食欲，体表有裂痕，皮肤上生肿瘤以及鳃部裂开；最后眼睛突出，鱼儿肝、脾、心脏等器官严重受损害而死亡。如果遇到急性结核病则1～2天内水族箱内鱼类全部死亡。
治疗方式：对病鱼尽早治疗，进行隔离。用四环素溶液进行药浴，并对水族箱水体用UV杀菌器进行消毒。
2、弧菌病
这类病也是很常见的，发病时，皮肤出现淡色斑点，食欲不振，行动滞缓，鳍和体部都有出血的现象发生。
治疗方式：用磺胺类药，每18升水放入1粒氯霉素，使鱼在治疗水箱中生活一周，每天换一半药水，同时使水温保持一定，直到痊愈。
3、柱状病
又称作竖鳞病。发病的状态为鱼鳞竖立，身体浮肿。这种病是柱状细菌引起的，细菌从受伤的部位进入鱼体而发病。
治疗方式：和弧菌病一样。
4、细菌性鳃病
发病的病毒是粘液菌，属于格兰式阳式细菌。发病表现为大部分皮层组织溃疡、鳃充血、鳃烂。此病在水温高于28℃时、水中pH过低，有机物含量过高时易发生。
治疗方式：把病鱼隔离，用50毫克/升氯霉素比例调配治疗的药浴，进行7天时间可以痊愈。
5、溃疡病
此病是一种革兰氏阴性菌引起，症状为烂尾、烂鳍。原因大多由投入的食物或水中的不洁净物而引起的。
治疗方式：新霉素、氯霉素药浴，50毫克/升，为期7天。
6、败血症
表现的症状为皮肤溃烂、出血、眼球浑浊、脱肛，死亡率高达80%以上。通常大多在夏天高温时或饲养密度过大，含氧量下降时发生，目前还无特效药。
治疗方式：一旦发现，及时隔离，对病鱼可在饲料中加喂“呋喃唑酮”，或用含抗生素的药物浸泡。
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