有经验的养殖者不会消极的等待鱼病发生，而是主动采取积极有效的措施进行预防。在养殖中，应遵循“无病先防、有病早治、防重于治”的原则，注意改善养殖水体环境，以消除病源，切断传播途径，提高鱼体抗病力。
1、鱼池、缸体消毒：要定期进行清洗和消毒。消毒可用2ppm的高锰酸钾溶液浸泡鱼缸或鱼池5分钟左右，然后用清水洗净，并用清水长时间浸泡后才能使用。
2、水体消毒：不管是水族箱还是鱼池的水体，经过一段时间饲养锦鲤后，都会积累很多的有机物及悬浮颗粒，造成水质的恶化，病原体增加。因此，必须对水体地行定期消毒，特别是在鱼病流行季节。目前普遍使用的杀菌消毒剂为漂白粉(1ppm)、杀虫剂为敌百虫（0.2ppm）。
3、鱼体消毒：新购入的锦鲤可能会带有一些细菌和寄生虫，如不及时除去，会传染给其他健康的鱼。因此，新鱼要经过药浴隔离后才能放入养殖水体中，具体方法是：用5%的食盐水进行药浴5~10分钟。药浴时，要随时注意观察锦鲤的状态。如有浮头、呼吸困难、窒息、失去平衡、休克等现象，应立即停止药浴，将鱼放回池水中。
4、工具消毒：凡是养鱼使用的工具，如抄网、水瓢、过滤器等都需要定期清洗、消毒、晾晒。最简单的方法是用开水烫一下，或在日光下曝晒。不宜采用高温或曝晒消毒的器具，可以使用鱼缸消毒的方法进行浸泡消毒。
5、饵料卫生：鲜活饵料要反复冲洗，洗去杂质，保证新鲜，如有必要则进行冷冻处理，人工饵料要放置干燥通风处储存，以防发霉变质。
6、切断传染途径：发现患有传染病的锦鲤要及时捞出，单独治疗，避免大规模的传染，原池也要进行消毒。病鱼使用过的工具均不可给健康鱼使用，以避免交叉感染。另外饲养密度过大，水质混浊，锦鲤也容易生病。
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