众所周知的蓝藻对南美白对虾的养殖是有弊无利的，南美白对虾养殖水体中常见的蓝藻有：微囊藻、颤藻、色球藻、螺旋藻等，其中微囊藻、颤藻的毒性最强、危害最大。在南美白对虾养殖水体中形成蓝藻水也是比较常见，特别是养殖前期，一旦形成蓝藻水华，肯会影响这一造虾的成活率、收成、甚至是效益。
蓝藻引起的原因：
1、前期进水时携带有大量的蓝藻藻种。
2、晒塘或清塘不彻底，蓝藻形成休眠的蓝藻孢子隐藏在淤泥中，水淹没后并遇上合适的条件而迅速生长繁殖。
3、在20-32度水温，其生长速度随水温上升而加快。
4、富营养化，其中水体中的N元素污染是最大的凶手，往往是水体中N、P比失调。5、pH值长期偏高。
蓝藻的危害：在南美白对虾养殖中蓝藻的危害一般指微囊藻、颤藻的危害为主，其中它们所含的毒素多，直接对虾产生毒害，虾食用后不易消化，易产生肠炎，肝中毒或诱发其它并发病症（如偷死、红体、黄鳃、黑鳃等），从而导致养殖的成功率低。
蓝藻预防措施：
1、清塘消毒彻底，杀灭其休眠的孢子，暴晒塘底并尽可能地清除过多的淤泥。
2、放苗后注重水体中藻相平衡，调好水体有益藻占优势，并投放适量的鲢鱼、鳙鱼混养。
3、降低N的含量、控制好pH值。
