目前，环境污染日趋严重，水资源恶化，育苗生产中出现的问题越来越多。如何提高育苗产量与质量，确保经济效益是每个生产单位十分关心的问题。因此，做好产前、产中的水质处理，是生产顺利进行的必要保障。
1纳水时间
这是一个不容忽视的重要环节。多数育苗厂在春季开展生产，纳水最好在上年冬季或早春3月前进行，且最好一次性备足。纳水前应对海区进行监测，避免纳入污染海水。
2蓄水池
2.1面积蓄水池面积的大小对育苗生产能否顺利进行有着直接的关系，特别是海区污染严重或水质变化较大的地区尤为重要。蓄水池应至少要满足15d育苗用水，最好能满足一茬或两茬育苗用水。有条件的厂家可将蓄水池建成多个小池，以方便生产轮换使用或调配。
2.2清整蓄水池使用前应进行清淤、曝晒，后用生石灰等药物消毒，待药效消失后进水。
3蓄水池水质处理
蓄水池的水一般经沉淀、消毒处理后进入育苗车间。常用处理方法一般有如下几种：
3.1漂白粉消毒一般用量为（有效氯）20×10-6左右，再用等量的硫代硫酸钠中和后使用。
3.2聚维酮碘用2～3g/m3全池泼洒。处理后的海水在高位池经5～6h的充分曝气后即可使用。
3.3次氯酸钠消毒一般用量为（有效氯）20×10-6左右，用硫代硫酸钠中和后使用。
3.4紫外线消毒在育苗室进水管上安装专用的紫外线消毒净水器消毒海水。
上述方法中的前三项可以结合第四项同时使用。
3.5pH值调节大雨过后，会导致蓄水池pH下降，应用30～50kg/m3水体的生石灰调节至适宜范围。
3.6生物调节在蓄水池中投放一定量的贝类（如青蛤、文蛤、杂色蛤等）或移植一定量的水草，通过贝类的滤食或植物的光合作用保持水质清新。
4砂滤池
进行虾苗、鱼苗或贝苗等品种的苗种培育，一般须建砂滤池。砂滤池可过滤海水中的有机质、泥沙、碎屑等，对水质改良有很好的作用。砂滤池的结构：由下往上依次为，最底层架上条石，铺上粗卵石（直径3～6cm）20cm，加上细卵石（直径1～2cm）20cm,然后铺上粗砂30cm，最后铺上细砂50cm。每层之间要用筛绢网隔开。
5室内培育池水质处理
5.1过滤袋在高位池及培育池的进水口应挂单层或双层的200或300目的筛绢网袋，以阻止杂质或敌害生物等进入培育池。
5.2药物处理为保持水质清新，预防疾病发生，可定期向培育池内泼洒聚维酮碘、高锰酸钾、EDTA-2Na等药物。
