近几年来，鲫鱼和鲤鱼的孢子虫是越来越多，究其原因，还是由于中间寄主水蚯蚓引起。在一些池壁用水泥护了坡的池塘，则很少发生孢子虫。或是在池塘里套养黄颡鱼，也会减少孢子虫的发病率。其原理就是孢子虫原本是蚯蚓的寄生虫，如果消除了水体中的蚯蚓，那也就阻断了孢子虫的传播。在治疗中，可尊从这一原则，在使用治疗孢子虫的药物同时，也用一些可以杀死蚯蚓的药，如英赛丰、五合一和鱼血平等。会起到更好的防治作用。
治疗孢子虫，现在用药根据寄虫体寄生的部位分内孢和外孢，外孢相对好治一些，可以用环烷酸铜加碘制剂，用碘的目的就是为了增加药物的渗透性。比如现在的水温孢虫追杀和聚维铜碘各一瓶可以用到4-5亩，晴天使用，使用分三次，分别每一天，每三天，第八天各使用一次。内服可以用盐酸左旋咪唑或者是盐酸氯苯胍、百部贯众散，其中盐酸氯苯胍的使用尤其小心。一是投喂的天数不能超过4天，因为这个药可以降低鱼的免疫力。最不愿见到就是这边把孢子虫治好了，那边把鳃出血喂出来了。还有就是投喂过程中，拌料一定要先进行预混，保证拌料均匀。不然会因为拌料不均，导致死鱼。
最难治的就是内孢子，如果是在体内还好一些。假如是喉孢子，那真是一个非常棘手的问题。有没有治好的，有，但治好所占的比例太低了。不是万不得一，非要拿下这个客户，建议最好绕道而走。假如能吃点料，那就试一试，如果一点料都不吃，那则是神仙拿它也没有办法。
