到目前为止，确实缺乏杀灭锚头鳋成虫的药物。但不管是鲤锚头鳋还是草鱼锚头鳋，它们的防治方法应该是类似的，而且与寄生在鲢、鳙鱼身上的多态锚头鳋的防治方法也应该是类似的。实验证明，锚头鳋的卵(囊)和成虫很难用药物杀灭。如何判断虫体是否成熟呢?肉眼能很容易观察到的鱼体身上的锚头鳋一般都是成虫，卵囊挂在虫体的两侧，也容易用肉眼看到。以前认为，充分成熟的成虫一般不用治疗，特别大鱼(15cm以上)感染时，这是因为：一是只要数量不多，危害不会很大：二是成虫(特别是挂卵囊的成虫)寿命一般较短，危害不会持久：三是成虫很难被杀灭，如果药物用量过大，就会伤害鱼体，影响鱼类摄食和生长，甚至污染水体。因此，笔者也认为成虫的数量如果不是很大，又寄生在大鱼上，不必专门下药去杀灭。
但研究表明，锚头鳋的幼虫是可以被杀灭的，而且有必要进行杀灭，因为它的潜在威胁比成虫要大，有可能形成暴发性寄生虫病。一般来说，锚头鳋一年内有两个流行季节，一个是在5～6月，一个是在9～10月。但这是普遍而言，对某个渔场来说，最好调查清楚它更确切的流行季节，这样就可以在流行季节的开始阶段，进行2～3次药物杀灭，就可以防治锚头鳋病。杀灭锚头鳋的药物主要是敌百虫和高锰酸钾，据试验结果，敌百虫的效果更好些。这里一定要清楚，进行这些药物防治的目的是杀灭在水中和刚寄生到鱼体身上的幼虫，而不是杀灭成虫，因此，不能根据施药后成虫是不是从鱼体上掉下来判断效果，而要看整个流行季节的发病情况，或进行对照试验来观察效果。
