在集约化养殖环境中，甲鱼生长速度快，抗病力较差，易导致疾病的发生。中草药既可用于预防疾病、保健、促生长，也可与抗生素结合使用于疾病的治疗；且中药产品往往无药残、无耐药性。
中草药在甲鱼养殖过程中的应用通常以防为主，经常使用的中药及其功效如下：
（1）大黄：泻热通肠、凉血解毒，可用于治疗甲鱼消化道出血、出血性坏死性肠炎等。
（2）板蓝根：清热、解毒、凉血、广谱抗菌，可用于甲鱼白底板病爆发初期。
（3）淫羊藿：补肾阳、强筋骨、祛风湿，可用于甲鱼白底板病中后期。
（4）黄芪：补气固表、利尿托毒、排脓、敛疮生肌，可用于甲鱼出血症。
（5）远志：镇静安神、清热解毒，可用于防治甲鱼相互抓咬而诱发腐皮病和疥疮。
（6）穿心莲：清热解毒、凉血、消肿、燥湿，可杀菌、抗病毒、提高白细胞对细菌的吞噬能力。
（7）甘草：补脾益气、清热解毒、调和诸药，可用于脾胃虚弱，并可缓解药物毒性、烈性。
（8）党参：补中益气、健脾益肺，在疾病防治后恢复期可起到保护肝脏的作用。
中药产品的优良效果与其无药残、无耐药性的特点早已被大家熟识，而中药加工工艺的改进则对提高中药产品的药效起到了举足轻重的作用。
中药超微粉碎技术是近年来国内外发展非常迅速的一项新技术，是中药现代化发展的重要方向之一，它利用机械或流体动力的途径将直径为3毫米以上的中药粉体粉碎至10～25微米，从而使中药具有良好的溶解性、分散性、吸附性和化学反应活性，使药效提高而副作用减少，并具有以下优势：
1、提高生物利用度
中药经超微粉碎后，细胞壁破裂，粒度细微、均匀，比表面积增加，空间率增大，药物更易分散，有效成分直接进入溶媒，被机体吸收。单位时间动物机体吸收药物有效成分的量比普通粉碎方法所获得的中药粉末大的多，大大提高了中药的生物利用度。
2、提高复方中药药效
兽用中药多为复方制剂，由多种药材组成，利用超微粉碎技术可以使中药在细胞级混炼，细胞破壁率达到95%以上。细胞经破壁后细胞内的有效成分充分暴露出来、药物的释放速度及释放量大幅提高。
3、提高中药的质量管理
中药材通过超微粉碎技术操作时，与中药药材细胞直径相当大小的虫卵、细菌及各种微生物，也同样被破壁而死亡，从而减轻了虫害和微生物对中药的侵害。
4、利于保留生物活性成分，适用范围广
在超微粉碎过程中，不产生过热现象，甚至可在低温状态下进行，并且粉碎速度快，有利于保留不耐高温的生物活性成分及各种营养成分，从而提高药效。
我国拥有丰富的中草药资源，在甲鱼养殖过程中，结合甲鱼生活习性，正确选择经超微粉碎技术加工的具有抗菌、消炎、保肝、利胆、祛湿等功能的中草药产品，不但可起到扶正祛邪、清热解毒、开胃健脾的作用，同时又能保持甲鱼机体正常的生理功能，提高其免疫能力和抗应激能力，达到促长和防病的效果。
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