病原体检查是寄生虫病最可靠的诊断方法，无论是粪便中的虫卵，还是组织内不同阶段的虫体，只要发现其一，便可确诊。但应注意，在有些情况下动物体内发现寄生虫，并不一定能引起寄生虫病。当寄生虫感染数量较少时，多不引起明显的临诊症状，有些是条件性致病寄生虫，在动物机体免疫功能正常的情况下，也不致病。因此，在判断某种疾病是否由寄生虫感染所引起时，除了检查病原体外，还应结合流行病学资料，临床症状和病理解剖变化等综合考虑。
体表寄生虫感染的诊断
寄生于水生动物体表和鳃上的寄生虫种类比较多，对于它们的检查，可采用肉眼观察和显微镜镜检观察相结合的方法。个体较大的，通过肉眼观察即可发现，进行进一步鉴定时，需取虫体在显微镜下根据虫体形态进行鉴别；个体较小的，常需刮取体表粘液或取其鳃丝进行组织压片后显微镜下观察，根据虫体或虫卵形态特征进行鉴别。
体表寄生虫种类主要有：鞭毛虫，孢子虫，纤毛虫，单殖吸虫，线虫，甲壳类等。
体内寄生虫感染的诊断
寄生于水生动物体内的寄生虫种类，对于它们的检查，也可采用肉眼观察和显微镜镜检观察相结合的方法。个体较大的，剖开鱼腹，取出肠道，通过肉眼观察即可发现；个体较小的，常需取动物组织或包囊压片后显微镜观察，根据虫体或虫卵的形态特征进行鉴别；对于一些寄生在血液内的寄生虫，则需进行血液涂片显微观察或将病鱼的心脏及动脉球取出，放入盛有生理盐水的培养皿中，剪开心脏及动脉球，并轻刮内壁，在光线亮的地方用肉眼观察；对于在眼睛内寄生虫，则要将病鱼眼睛挖出，剪破后取出水晶体放在生理盐水中，刮下水晶体表面一层，用显微镜检查，或在光线亮的地方用肉眼仔细观察。
体内寄生虫种类主要有：孢子虫，复殖吸虫，绦虫，棘头虫等。
