在梅雨季节这段时间里往往连续阴雨，出现雷雨和闷热天气，气压较低，养殖动物排泄物也增多，水质极易恶化，因此特别容易缺氧，同时因为高温和低氧，很容易引发药害事故。在梅雨期出现病害问题，处理起来风险很大，养殖成本会大幅增加，严重者可能会损失很大。
梅雨期池水缺乏足够光照，藻类生长不旺，甚至没有。养殖前期积累的残饵和粪便不断增多，又得不到充分分解而积累下来。所以此阶段水质容易恶化，出现水体浑浊、水色发暗、缺氧，甚至在下风处可闻到水有异味。所以应做好如下工作：
1、经常开启增氧机，特别是晚上利后半夜。遇到阵雨、连续炎热或天气突变的情况，开机时间要延长，并配合使用“粒粒氧”。对虾养殖池，应尽可能2～3天使用一次粒粒氧。海水养殖池在入梅前，可加深水深。大雨过后，应排出下层淡水。
2、没有增氧机的池塘，建议每隔3～5天使用一次“粒粒氧”（在后半夜使用最佳），以增加池底溶氧，减少池底有害物产生。养殖密度较大、水质不稳定的，应增加使用频率。可能的话要经常加注一些新水，适当抬高水位，并尽可能地换掉池塘底层水。
3、使用底净宝来改善底质，同时配合粒粒氧使用，每7～10天使用1次，能消除底部有机质分解产生的有害物，并能抑制病菌繁衍，保持底质良好，防止水质恶化。并选择在不下雨的上午使用1～2次EM菌调水。也可以选用底改霸王（全效改良，含微生物，能稳定水体碱度）、增氧型水体双改（改水改底同时进行，并能增氧，对去除氨等有害物效果明显）、高效池底净（快速，能增氧，对底部改良效果显著）等底质改良剂。
4、绵绵阴雨，往往池水透明度不高。使用“速效水净宝”来增加透明度，这不仅能促进藻类生长，又能减少池水有机质含量，净化水质，防止水体水质恶化。养殖密度比较大、池水比较深的池塘，还应适当泼洒石灰乳，每亩1米水深使用4～5千克。方法是将生石灰化水后全池泼洒。这能起到防止水体因养殖动物大量呼吸作用、藻类光合作用弱导致的水体变酸。盐碱池、pH值高的池塘无须进行此处理。
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