清塘应在修整池塘结束后、鱼苗放养前10-15天进行，即用各种药物杀死野杂鱼、致病菌、寄生虫和其他敌害生物。清塘时常因养殖品种的不同、多发疾病的不同及药物来源便利而使用不同类的清塘药物，如苗种池常使用通杀型的清塘剂，而虾蟹养殖塘中常使用选杀型的清塘药。清塘的药物种类很多，应根据各地特点选择应用。这里介绍一些常用且效果较好的方法。
一、化学类
1、生石灰：
利用生石灰清塘有两种方法，一种是干法清塘，常见做法是将池水排到6-10厘米深，在塘内底部挖若干个水坑，将生石灰分别放入水坑中溶化，不等坑中水冷却，将坑中石灰水向池塘内四处泼洒。每亩池塘用量60-75公斤，视池塘底泥老化程度适当增减。第二天须用铁耙搅动塘泥，使生石灰浆与淤泥充分混合，以发挥其改善底质的功效。另外一种方法是带水清塘，即不排出池水施用生石灰，可以直接倾倒到池塘中，但是最好是用竹箩筐盛装生石灰，由人穿着水裤下塘，端着箩筐在水塘中左右振荡，以保证生石灰在水中充分溶解，注意身体肌肤不要直接接触正在溶解的生石灰，避免烫伤。生石灰每亩每米水深用量125-150公斤。需要7-10天后药效消失才能将鱼虾苗入池。其优点是防病效果比干池清塘更好，缺点是成本高，生石灰用量比较大。
利用生石灰清塘是因为生石灰遇水会生成氢氧化钙，在短时间内使池水pH值上升到11以上，同时放出大量的热，因此可以杀灭野杂鱼类、蛙卵、蝌蚪、昆虫、杂虾蟹、蚂蝗、丝状藻类、寄生虫、大多数病菌。生石灰清塘后产生的氢氧化钙可以保持池水略显碱性，防止酸化。生石灰可改良底质的通透性，增加钙肥，为动植物提供营养物质。使用时需现买现用，且应在晴天使用，其清塘效果受水体碱度影响。但必须选择刚刚出窖的块状石灰，而不要选择那些块少粉多的货色，因为粉灰是生石灰潮解后与空气中二氧化碳结合形成的碳酸钙，已经失去清塘功效了。但必须注意的是碱性较强的水体不能用此法清塘。
2、漂白粉
漂白粉是使用了多年的第一代消毒剂，又称含氯石灰，为白色颗粒状粉末，用漂白粉清塘有两种方法：干法清塘一般留池水5-10厘米，漂白粉用量为每亩6-15千克；另一种是带水清塘，漂白粉用量为20毫克/升。清塘后4-5天药性消失，即可放鱼。漂白粉的杀菌效果比生石灰强，漂白粉清塘具有药力消失快，用药量少，有利于池塘的周转等优点，缺点是没有使池塘增肥的作用。
漂白粉有效氯含量在30%左右，遇水后分解出次氯酸和次氯酸离子，而次氯酸与次氯酸离子极不稳定，可放出活性氯和初生态氧，杀死鱼类、蛭类、蝌蚪、螺、水生昆虫、寄生虫和病原体。但漂白粉有效氯含量不稳定，易挥发，使用时应先检测其有效含量。
3、氨水
氨水呈强碱性，高浓度的氨水能毒杀鱼类和水生昆虫等，同时氯水也是一种很好的液体氮肥，能促使浮游植物大量繁殖消耗水中游离二氧化碳，使池水pH上升，从而增加水中分子氨的浓度，容易引起鱼中毒。因此用氨水清塘后最好再施用一些有机肥，促进浮游动物生长以抑制浮游植物过度繁殖。氨水清塘时一般将池水排干或留水深10厘米左右，亩用氨水50公斤，加水加干塘泥搅拌后全池均匀遍洒，加干塘泥的目的是减少氨水挥发。需要7-10天后药效消失才能将鱼虾苗入池。氨水清塘的优点是成本低，促使鱼成活率高，生长快，发病少，缺点是不能杀灭螺狮。
二、农药类
用于清塘的农药有两种，一种是杀虫剂，另一种是灭螺剂，前者常用于清除池塘中的野杂鱼与虾类，后者常用于清除池塘中的野杂鱼与螺蚌。本类药物用量少，但常无杀菌作用，更无改良池塘环境的功能。
1、杀虫剂
农药类的清塘药物有菊酯类、有机磷类等。农药作为清塘剂使用时主要是利用其对鱼虾类的毒性，低剂量时有的杀虫剂常用于防治鱼类寄生虫病，而高剂量时则用于清塘，以杀灭水体中的鱼虾类，但其对细菌等其它的致病生物无作用，更不可能改善池塘环境。
2、灭螺剂
灭螺药物主要有氯硝柳胺、五氯酚钠和烟酰苯胺等。在水产养殖过程中为杀灭池塘中的有害螺类，也常采用灭螺剂作为清塘药物。
3、扑草净
属于除草清塘剂，杀灭的主要杂草如下：漂浮性植物的漂叶菜、马莱眼子菜、鸡头米等。藻类植物的青泥苔、鱼网藻、轮叶黑藻、茨藻等；禾本科植物的菱角、三棱草、小叶张、芦苇、蒲草、水椑草等。
三、植物类
以茶粕为代表的植物类清塘药，其共同特点是均有杀鱼的作用，部分的杀螺的功能，但往往用量过大，且杀鱼不彻底，更无杀菌作用，使用时常需其它药物配合才能达到彻底清塘的目的。
1、茶粕
茶粕是油茶的果实经过榨油之后剩下的渣滓。茶粕含有皂素，通常含量有7%-8%。皂素又称皂角苷，是一种溶血性毒素，能使鱼的红细胞溶化，故能杀死泥鳅等各种野杂鱼类、螺狮、河蚌、蛙卵、蝌蚪和一部分水生昆虫，但对病菌、虾蟹毒力不强，常用于虾蟹养殖塘中清塘。皂素易溶于碱性水中，使用时加入少量石灰水，药效更佳。由于茶粕的蛋白质含量较高，因此它还是一种高效饼肥，对淤泥少、底质贫瘠的池塘可起到增肥作用。
2、鱼藤精
利用鱼藤和鱼藤属植物鲜根在水中捣碎，用其乳液来毒鱼已有数世纪之久的历史。水产养殖清塘时常用鱼藤精，鱼藤精的有效成分是从豆科植物鱼藤的根部提取的物质，鱼藤精一般含25%的鱼藤酮。鱼藤精清塘用量为2g/㎥。鱼藤精能杀死野杂鱼类和部分水生昆虫，对致病菌也具有一定的杀灭作用。对虾蟹类及饵料生物，毒性较低。因此，适用于虾蟹池的清池除害。但在虾蟹类脱壳时应避用，以免造成死亡。
3、巴豆
巴豆是江浙一带用的清塘药物，目前很少使用。每667㎡平均水深1m，用量为3-5kg。使用时将巴豆捣细装入坛中，用3%盐水浸泡密封，经2-3天后将巴豆连渣带汁冲稀后全池均匀泼洒。巴豆只能杀灭大部分鱼类，对致病菌和寄生虫、蛙卵、蝌蚪、水生昆虫没有杀灭作用，也没有改良底泥的作用，毒性消失时间10天左右。巴豆对人的毒性很大，有的人解除或者熏染到巴豆的气味后头和脚都会发肿。施巴豆后，池塘附近的蔬菜等需要过5-6天后才能食用。
不同养殖对象清塘药物选择
1、鱼苗池
鱼苗躲避敌害生物、争夺食物及生存资源的能力较差，应选用通杀型清塘剂，如生石灰、漂白粉、三氯异氰尿酸。值得注意的是如碱度较高的盐碱地池塘不宜使用生石灰，可以选择三氯异氰尿酸。
2、常规鱼池塘
养殖青、草、鲢、鱅、鲤、鲫、鳊、鲂等常规品种的池塘清塘，重点在于杀灭凶猛肉食性鱼类及野杂鱼，同时还需杀灭寄生虫及致病菌。可以选择生石灰、漂白粉、三氯异氰尿酸、鱼藤酮、溴氰菊酯等。有締虫病史建议使用氯硝柳胺等药物以杀灭螺狮。
3、肉食性鱼类池塘
青鱼、鲤鱼养殖塘应考虑保存螺蚌类，可选择鱼藤酮或者茶粕；养殖乌鳢、黄颡鱼、鲶及叉尾鮰等建议使用生石灰、漂白粉等通杀型清塘药。
4、常规鱼和虾蟹混养池
可以考虑对虾蟹影响较小的茶粕、氯硝柳胺等。
5、虾蟹塘
若是首次养殖须杀灭池塘中的一切不利生物因子，可选择通杀型清塘剂。如果需要保存池塘中的虾蟹类，可选择鱼藤酮。
注意事项：
1、清塘效果与环境有很大关系。清塘适宜选择晴天，这样温度较高，药物的作用比较强烈，能提高清塘的效果。如果清塘时，长期低温，清塘药物难以降解，易沉淀在池底，被砂土吸附，缓慢释放易导致所放苗种死亡。
2、由于水温的差异及各种水产动物对药物耐受程度的不同，放养前必须用养殖水产品试一试（俗称试水），在证明清塘药物毒性消失后，方可大批放养水产苗种。
