底质好，水质自然好；水质好，底质不一定好。
健康养殖是从综合调控底质与水体水质开始的，底质和水质的好坏直接关系到养殖鱼类能否健康生长。
不良环境是养殖鱼类发病的主要因素，致使底质改良为中心的水质管理已成为当今养殖的核心技术。
所以，底质和水质的好坏是养殖成功与否的关键所在。
底质恶化的原因
随着水产养殖密度的不断增大，以消耗大量高蛋白饲料及污染池塘自身和周边环境为代价来维持生产的养殖模式，破坏了池塘原有的生态平衡；加上养殖户为了防治鱼病，大量使用杀虫剂、消毒剂、抗生素等药物，并且用药剂量越来越高。
这样，在养殖过程中，养殖残饵、粪便、死亡动（植）物尸体和杀虫剂、消毒剂、抗生素等化学物在池底沉积，形成黑色污泥，污泥中含有丰富的有机质，厌氧微生物占主导地位，严重破坏了底质的微生态环境，导致各种有毒有害物质恶化底质，从而危害养殖鱼类。
底质与鱼病的关联
在淤泥较多的池塘中，有机质的氧化分解会消耗掉底层本来并不多的氧气，造成底部处于缺氧状态，形成所谓的“氧债”。
在缺氧条件下，嫌气性细菌大量繁殖，分解池塘底部的有机物质而产生大量有毒的中间产物，如氨气(NH3)、亚硝酸盐(NO2-)、硫化氢(H2S)、甲烷(CH4)、有机酸、低级胺类、硫醇等。
这些物质大都对养殖鱼类有着很大的毒害作用，并且会在水中不断积累，轻则会影响鱼类的生长，饵料系数增大，养殖成本升高。
其中，氨气(NH3)、亚硝酸盐(NO2-)、硫化氢(H2S)都能引起鱼类的缺氧暗浮头，氨气(NH3)含量高时，还会导致各种鱼类的拟出血病；亚硝酸盐(NO2-)易诱发草鱼出血病，也会提高鱼类对细菌性疾病的易感性，重则引起中毒死亡或泛塘，造成巨大损失。
分解产生的有机酸和无机酸，使底质酸化，pH值明显下降。
当pH值超过适宜限度时，将影响鱼体呼吸，造成新陈代谢下降，生长发育停滞等一系列异常变化。过酸的水还能刺激鱼类的鳃和皮肤的感觉神经末梢，反射性地影响呼吸运动，使养殖鱼类从水中摄氧能力减弱，从而导致各种疾病。
另一方面，当底质恶化，有害菌会大量繁殖，水中有害菌的数量达到阀值时，养殖动物可能发病。如：由嗜水气单胞菌引起的溃烂病、荧光假单胞菌引起的赤皮病、点状气单胞菌引起的肠炎病和打印病等。
底质与水质的关联
底质的好坏直接影响水质的好坏，水质的好坏是底质的表现形式。
水体中藻类的繁殖所需要的营养很大一部分来源于底泥的缓慢释放。在有机质含量高的池塘，底质酸化严重，很多微量元素以不溶性盐的形式沉积于底泥难以释放，导致营养失衡；当优势藻类被抑制后，水体生态平衡极易破坏，寄生虫、轮虫等大量繁殖和蓝藻、甲藻等劣势藻类繁殖过盛，恶化水质。
底质改良
大量的研究与生产实践证明，池塘淤泥增多，底质恶化是造成池塘底部“氧债”升高，pH值失衡，有毒物质和有害物质增加的罪魁祸首，是造成整个养殖水体水质污染的重要原因。
同时，底质恶化也给养殖鱼类带来的各种各样难治的疾病。池塘环境中，除水源外，底质是影响水质的主要因素，一般新开鱼塘的底质良好较少发病就是这个原因。
以有机物的多少来划分：底瘦和底肥。
底瘦的池塘通常是新塘或清淤翻晒过的养殖池塘，池塘底部有机质少，微生态环境脆弱，不利于微生物的生长繁殖。
底瘦、水瘦的池塘，藻类数量少，饵料生物缺乏，溶氧量往往比较低，水体易出现浑浊或清水。可以适当施肥以补充底部和水体的营养物质，调节底部菌群平衡，建立有利于水质的微生物群落。
底瘦、水肥的池塘，活物饵料丰富，藻类数量多，水体的溶氧丰富。底部供应的营养不足，这样的水质难以维持，容易出现死藻。可施用生物制剂补充底部营养和有益菌群的数量。
底肥的池塘，淤泥特别多，有机质相当丰富；同时，底瘦的养殖池塘随养殖过程的进行，残饵、粪便、动（植）物尸体等会越积越多，形成淤泥变成底肥的池塘。
底肥、水肥的池塘，水体粘稠物质多，自净能力差，底层溶氧不足，底泥易发臭。先使用净水剂净化水质或开启增氧机，提高底泥的氧化还原电位，促进有益菌的繁殖。
水肥的池塘要防止盲目用药，改用降解型底质改良剂代替吸附性底质改良剂，定向培养有益藻类防止水体老化。
底肥、水瘦的池塘，水体营养不足，藻类生长受限制，水体溶氧量低，底层易出现“氧债”，敌害微生物易繁殖。这种情况最好底层充气，提高底泥的氧化还原电位，可以施用调水剂促进有益菌的生长繁殖，同时施用降解氨氮制剂来调节水质，降解水体中的毒素，提供丰富的营养，培养有益藻类，防止盲目使用杀虫剂、消毒剂。
养鱼先养水，养水先改底，改良底质才是根本。清塘清淤是必须的环节，从池塘底部入手，合理使用(不滥用、不乱用)底改产品，平时多开增氧机也是一个很有效的水质改良的方法，如此方能有效并持久维护好水质，不仅预防鱼病，还可以增产增收，减少养鱼过程中狠多不必要的麻烦。
