1.1对我国政府畜牧业管理体制的挑战。目前我国畜牧业生产的管理权在畜牧业行政主管部门，而畜牧业生产资料和畜产品流通权在商业行政主管部门，畜产品国际贸易的管理权又在外贸行政主管部门。这种贸工牧分割、产供销分离的运作机制显然不适应加入WTO后畜产品国际市场与国内市场一体化的需要。
1.2对我国畜牧业生产的挑战。加入WTO后，我国畜牧业生产将直接面临国际畜牧业生产的竞争，虽说我国畜产品生产成本低于加拿大，美国等国家，在国际竞争中比较有利，但是我国的畜产品品种单一，质量不高，这些已不适应市场消费的需要，如果不能尽快地按照市场需求和国际质量标准调整畜牧业生产结构，我国的畜产品很难打入和占领国际市场。另外随着我国生态环境的不断恶化，如空气污染、灌溉水污染、农药残留物污染等，我国畜产品的安全性可能遭到国际市场的不信任；又加上我国被认定为疫区，畜产品安全性不高，易被国外的消费者抵制，影响畜产品的国际竞争力。
1.3对我国农牧业保护和发展政策的挑战，加入WTO后，各种关税的措施将被禁用，只能转化为相关的等关税之后按规定削减。根据乌拉圭回合农业协议的规定，用于国内支持总量(AMS)只要不超过以1986-1988年为基期的平均农业生产总值的5%(发展中国家为10%)，就无须削减其国内支持。由于1986--1988年我国大部分农产品的价格低于国际市场价格，关税化后的关税等值为负值，即我国不需要承担国内支持的减让义务，这就决定了我国无法使用贸易规则规定的关税化手段，这不利于对我国农牧业的贸易保护。另外，同时也就决定了我国今后对农业的支持水平不得超过基期(1986-1988年)平均农业生产总值的10%，即约485亿元人民币，按现行汇率约57亿美元，这是发展中国家的最低水平。与发达国家相比这一水平就更低了，如美国削减后可达191亿美元；欧盟削减后可达769亿美元；日本削减后可达283亿美元，相比之下我国所能使用的支持空间小得多，这不利于畜牧业生产的发展。
1.4对我国畜牧业组织形式的挑战。我国现行的家庭责任制是符合我国现阶段农村实际情况的基本组织形式，这已被多年的生产实践成功证明，但随着加入WTO进程的加剧，其缺点暴露的愈益明显，就是生产规模太小，生产效率不高，不具备与国际畜牧业产业化、集约化和规模化的竞争能力。另外，我国农牧民缺乏利益代表性组织，相互之间缺乏沟通，不能协调，常常在激烈的市场竞争中相互"残杀"，导致几败俱伤，而国外的农民都有自己的利益代表组织，如日本的农协，美国的农业合作社等，它们代表农民的利益，在生产和流通方面为农民架起桥梁，保护他们的利益。
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