由于番茄幼苗的生长发育速度较快，故在苗期要创造适宜的环境条件；使根茎叶的正常生长和花芽分化协调进行，以培育出适龄的健壮秧苗。番茄适龄优质壮苗的标准为：茎较粗，节间短，叶大而厚，颜色深绿，根系发达，侧根多，初显花蕾。在培育壮苗中，要抓好以下工作。
一、苗床地的选择培育番茄苗要选择排水良好，土层较厚，土质肥沃，有机质含量较高，pH中性左右，近二年未种过茄果类的地块来进行育苗。其地貌条件应根据不同季节区别对待。晚秋培育反季节栽培的苗，应选择四周有挡风物的高地或坐北朝南，有一定坡度的台阶地。而在冬季育苗，因正是干旱少雨季节，可选择地势平坦的地，尤以水稻地为佳。春季育苗应选择四周空旷的地块，以加强光照，夏季最好是选择山地育苗。
番茄苗床地要尽可能早翻土，并撒石灰调节酸碱度。番茄苗床的规格，一般长10米，宽1.5米。
二、培养土的配制
1、优质培养土应具备条件
培育番茄苗的优质培养土必须有良好的物理结构。富含足够的营养成份，且要求化学性质（主要指土壤酸碱度）相对稳定。试验测定表明：培养土的容重应在0.5-0.7之间，总孔隙度为70%-80%，pH值以中性略偏碱为宜。
2、培养土的组成及配比
根据以上要求，生产上常用的育苗基质有肥沃园土、堆厩肥、栏粪、猪牛粪渣、炭化谷壳、草炭等。园土是培养土的主要成份，应占到30%-50%；为防止土壤传染病害，不要选择近两年种过茄科的蔬菜园土，最好选择生姜，豆类或葱蒜土以及肥沃的稻田土；园土掘取后要充分烤晒、打碎、过筛，并保持干燥状态备用。有机肥料如猪牛粪，堆厩肥等，是主要的营养源，应占培养土20-%-30%。这些有机肥一定要提前收集，并进行避雨堆沤，使之充分腐烂发酵。炭化谷壳或草木灰能增加培养土的钾含量，使其疏松透气，并提高pH值，其含量也可占培养土的20%-30%。
根据作者的试验研究：培育番茄苗的培养土可采用2/4园土、1/4猪粪渣和1/4炭化谷壳（体积比）配制而成。此外，还可加少量过磷酸钙；必要时加适量石灰调节酸碱度。
3、培养土的消毒
常用的方法有福尔马林（40%甲醛）消毒。一般1000公斤培养土，用福尔马林药液200-300毫升（即0.2-0.3公斤）。加水25-30公斤，喷洒后充分拌匀推置。并覆上一层塑料薄膜闷闭2-3天。揭膜6-7天待药气散尽即可使用。
4、培养土的使用
作苗床后，在播种前一个星期即可铺设培养土，厚度为6-8厘米，每10平方米苗床需培养土12-14担。要求厚度均匀一致，床面平整，播种后的盖籽土也要求用这种培养土。
三、种子处理与播种
1、播种期的确定
番茄播种期的确定必须考虑其对环境条件的要求、品种的适应性以及商品需要的供应期等，就前二个条件而言，番茄在海南等北运瓜菜产区，多数品种在秋、冬、春季均能播种；如果是耐热性很强的品种，也可在夏季播种。但从市场需要考虑，仍以冬春反季节栽培为主，其适宜播种期为9-11月。如果是春夏栽培以本地市场销售为主，则以12月、元月为最佳播种期。
2、种子处理
番茄的种子处理，同其它茄果类蔬菜一样，主要是浸种和催芽。
（1）浸种：浸种的方法很多，番茄主要采取温汤浸种和药液浸种。
温汤浸种的方法是：将种子盛在纱布袋中，先置入常温水中浸15分钟，再转入55℃左右的半开水中浸15分钟，且不断搅动和及时补充热水使水温维持所需温度，随后让水温逐渐下降或转入30℃的温水中继续浸泡4-5小时，最后洗净附于种皮上的粘质。
药液浸种应有针对性地为预防某种病害而选取相应的药剂。如果是防治番茄早疫病，先用温清水浸种3-4小时，再浸入40%福尔马林100倍液中，20分钟后捞出并密闭2-3小时，最后用清水冲洗干净。防治番茄病毒病，同样选用清水浸3-4小时，转入10%磷酸三钠或2%氢氧化钠水溶液，经20分钟取出，用清水冲洗数遍，至pH试纸检验为中性时即可。
（2）催芽：催芽可根据种子量的多少在催芽箱，恒温催芽箱和其它简易催芽器具中进行。催芽过程中，关键是控制温度，其次是调节湿度和进行换气，番茄种子催芽的温度为22-23℃，在此范围内实行变温催芽更有利于出苗齐而壮。为保证氧气和适宜的水分，应每隔6小时左右翻动一次，并根据干湿程度补充一些水分，必要时可进行冲洗，以清除种子表面上的粘质。在这样的催芽条件下，番茄种子经2-3天即可完成催芽。
3、播种
番茄主要采取直接播种法。播种前半天或一天要将苗床浇透，使水分下渗10厘米左右。即除渗透培养土外，苗床本土还要下渗2-4厘米。播种时应将湿润种子拌些干细土，并采取来回撒播，即可播得均匀。播种量以干种子计算，每10平方米苗床播50-75克，可满足2-3亩大田之用。播种后要撒一薄层盖籽培养土，并及时覆盖塑料膜或遮阳网。
四、苗床管理
番茄同其它茄果类蔬菜一样，如果采取一次成苗，也可在苗床生长期间划分为四个时间，即出苗期，破心期，旺盛生长期和炼苗期。
1、出苗期的管理
从播种到子叶微展即为出苗期，约需3天，主要是为了促进苗快而整齐，必须维持较高的湿度和控制较高的温度。温度控制以22-24℃为适，白天可升至25-26℃，夜间可降至20℃左右。为保持土壤湿润，在床温不过高的情况下，一般不宜揭除覆盖物。
2、破心期的管理
从子叶微展到第一片真叶展出即为破心期，约4天左右。为了在定时期不形成高脚苗并促进先长根，主要采取控的措施。首先在确保秧苗不受冻的情况下，尽可能多见阳光。其次，是适当降低温度，白天控制16-18℃，夜间12-14℃。其三是控制浇水，降低床土温度。此外，遇秧苗拥挤时应用时间苗。
3、旺盛生长期
幼苗破心后即生长加快进行旺盛生长期。为了使营养生长与生殖生长协调进行，应采取促控结合的管理措施。主要是提供适宜的温度、较强的光照、充足的水分和养分。
①控制昼夜气温为20-24℃/14-15℃；昼/夜地温为16-18℃/12-14℃。
②在保证以上温度的前提下，一般不需覆盖，以利于通风见光。
③保证水分和养分供应，一般在正常的晴朗天气，应每隔一天喷水一次，以维持床土湿润；即使在低温阴雨天气，也应每隔2-3天左右喷水一次，以维持床上呈半干半湿状态,在床土缺肥的情况下，可结合浇水喷2-3次营养液，营养液应注意N、P、K三要素的配合，三者的总浓度不要超过0.2%。这里介绍一个营养液配方供参考应用。即尿素50克、硫酸钾80克、磷酸二氢钾50克，加水100公斤，溶液浓度为0.18%。还可以采用NPK专用复合肥配制。
④遇秧苗徒长时，可喷施50ppm多效唑或采取松土断根等措施。
4、炼苗期的管理
定植前3-4天即可进行炼苗期。主要是采取控的措施，包括控湿降温，揭除覆盖物等。必要进可使床土露白或有意松土断根。
