泥鳅养殖过程中，要注意做好病害防治工作，常见的病害有赤绍病、水霉病、气泡病、曲骨病、车轮虫病、舌杯虫病、农药中毒及其他生物敌害等。主要防治方法如下：
(1)微生物引起的疾病防治。
①赤鳍病：此病对泥鳅危害大、发病率高，由杆菌引起。症状为，先是鱼塘或体表部分表皮剥落，呈灰白色，肌肉开始腐烂，肛门部位发红，继而在这些部位出现血斑，并逐渐变为深红色，严重时出现鳍条脱落，不摄食，直至死亡。主要流行于夏季。防治方法：应避免鱼体受伤，苗种放养前应用4％的食盐水浴洗消毒。
②水霉病：鳅卵防治用每立方水放食盐400克加小苏打400克的溶液洗浴1小时。病鳅可用3％的食盐溶液浸洗5—l0分钟。
②打印病：病灶一般呈椭圆，圆形，浮肿有红斑。患处主要在尾柄基部。流行于7—8月份。治疗可用1克/立方的漂白粉或2—4克/立方的五倍子进行全池泼洒。
(2)寄生虫引起的病害防治。
①车轮虫病：寄生于鳃部和体表。患病后摄食量减少，离群独游，严重时虫体密布，如不及时治疗，会引起死亡，流行于5—8月份。预防措施是用生石灰清塘；治疗方法为按池水每立方用晶体敌百虫0．7克全池泼洒。
②舌杯虫病：寄生于泥鳅的皮肤或鳃上，平时摄取周围水中的食物作营养，对泥鳅没有多大影响。但若大量寄生在鳅苗上，会造成呼吸困难，严重时导致鳅苗死亡。一年四季都可发病，以5—8月份较为普遍。预防主要是应在鳅种放养前用8克／立方水硫酸铜溶液浸洗15—20分钟，发病后治疗则用0．7克／立方水硫酸铜和硫酸亚铁(5∶2)合剂全池泼洒。
(3)农药中毒症。农田中使用的各种化学农药，其残毒会不同程度地污染水质，使泥鳅中毒致死。此症易给稻田养殖泥鳅造成很大的损失。所以，为了确保泥鳅安全，必须严格控制农药使用量和洒药方法。
(4)其他敌害防治。养殖泥鳅的池塘，要用生石灰彻底清塘。注、排水口应设密网拦滤，严防有害的鱼类、水生昆虫、蛇、蛙等进池塘危害鳅苗种或成鳅。若发现池中有水蜈蚣，应用90％的晶体敌百虫按5克／立方浓度全池泼洒杀灭。
