枯草芽孢杆菌施入土壤后有一个菌群繁殖壮大的过程，因此，要在发病前或作物根系开始生长前使用才能达到控制病害的目的。避免与未腐熟的农家肥混用；与未腐熟的农家肥施入地里会产生二次发酵升温，高温会杀死枯草芽孢杆菌，影响菌种的繁殖杀菌治病。
枯草芽孢杆菌的使用方法
1、拌种使用：
在西瓜、黄瓜、番茄、茄子等蔬菜播种前，用300亿芽孢/毫升枯草芽孢杆菌悬浮种衣剂按照药种比1：50～100的比例进行拌种，包衣后能在种子外部形成一层有益菌的保护层，可以抑制枯萎病、根腐病等土传病菌对种子的侵染，并且在植物根际、体表或体内及土壤中快速、大量繁衍和定殖，保护植株不受病菌侵染，同时分泌具有杀菌作用的活性物质，达到有效排斥、抑制和杀灭病菌的作用。
2、喷雾：
防治赤星病、稻瘟病、黑胫病、枯萎病、黄萎病等病害，可在发病初期，用枯草芽孢杆菌2000亿CFU/克枯草芽孢杆菌可湿性粉剂7.5-10克/亩，兑水30公斤均匀喷雾，每7天喷一次，连喷2～3次。
3、灌根处理：
在黄瓜、西瓜、番茄、茄子等枯萎病发生前或发生初期，用100亿个/克枯草芽孢杆菌可湿性粉剂200-250克/亩，加水进行灌根。
枯草芽孢杆菌的特点
枯草芽孢杆菌在土温10～40℃范围内能够正常生长繁殖，在10-24℃生长繁殖较缓慢，并随着温度增高而繁殖加快，25～37℃最适宜生长繁殖，在碳源充足（也就是有机质丰富）时约20--30分钟繁殖一代，当温度超过48℃后生长繁殖受到抑制。枯草芽孢杆菌最适宜的土壤湿度为60%左右，所以寒冷的冬季尽量不要使用，也不要在过分干旱时环境条件下使用。
枯草芽孢杆菌对于阳光中的紫外线敏感，容易将其杀死，因此不要在阳光暴晒的中午使用，也不能直接撒施在地表，要在阴天或清晨、傍晚喷雾，或用于土壤处理和灌根使用。
