微量元素肥料的种类很多，可以按元素区分，也可以按化合物的类型区分。
按元素区分有钼肥、硼肥、锰肥、锌肥、铜肥、铁肥等。硼和钼常为阴离子，即硼酸盐或钼酸盐；其它元素为阳离子，常用的是硫酸盐(如硫酸锌、硫酸锰等)。
①硼肥：硼砂、硼酸、硼泥(硼渣)、硼镁肥、硼镁磷肥、含硼过磷酸钙、含硼硝酸钙、含硼碳酸钙、含硼石膏、含硼玻璃肥料、含硼矿物、含硼粘土
②钼肥：钼酸铵、钼酸钠、含钼矿渣、三氧化钼、含钼过磷酸钙
③锌肥：七水硫酸锌、氯化锌、氧化锌、螯合态锌、碳酸锌、硫化锌、磷酸铵锌
④锰肥：硫酸锰、氯化锰、碳酸锰、含锰玻璃、氧化锰、含锰过磷酸钙、磷酸铵盐，锰渣
⑤铜肥：五水硫酸铜、一水硫酸铜、螯合态铜、含铜矿渣、碳酸铜、氧化铜、氧化亚铜、硫化铜、磷酸铵铜
⑥铁肥：硫酸亚铁、硫酸亚铁铵、螯合态铁、硫酸铁、磷酸铵铁
⑦氯肥：氯化钙、氯化铵、氯化钾
按化合物的类型区分①易溶的无机盐：属于速溶性微肥，例如硫酸盐、硝酸盐、氯化物等。钼肥则为钼酸盐、硼肥为硼酸或硼酸盐。
②溶解度较小的无机盐：属于缓效性微肥，例如磷酸盐、碳酸盐、氯化物等。
③玻璃肥料：是含有微量元素的硅酸盐型粉末，是高温熔融或烧结的玻璃状物质，溶解度很低。
④螯合物肥料：是天然的或人工合成的具有螯合作用的化合物，与微量元素螯合的产物。
⑤混合肥料：是在氮磷钾肥中加入一种或多种微量元素制成的混合肥。
⑥复合肥料：是氮磷钾肥与一种微量元素或者几种微量元素制成的化合物。
⑦含微量元素的工业废弃物：其中常含有一定数量的某种微量元素，也可做为微量元素肥料使用，一般都是缓效性肥料。
此外，各种有机肥料都含有一定数量的各种微量元素，是微量元素肥料的一种肥源，但不能认为有机肥料能够完全满足农作物对微量元素的需要。
常用种类①硼肥：主要是硼酸和硼砂。它们都是易溶于水的白色粉末，含硼量分别是17％和13％。通常把0.05-0.25％的硼砂溶液施入土壤里。
②锌肥：主要是七水硫酸锌（ZnSO4·7H2O，含Zn约23％）和氯化锌（ZnCl2，含Zn约47.5％）。它们都是易溶于水的白色晶体，施用时应防止锌盐被磷固定，通常用0.02-0.05％的ZnSO4·7H2O溶液浸种或用0.01-0.05％的ZnSO4·7H2O溶液作叶面追肥。
③钼肥：常用的是钼酸铵[(NH4)2MoO4]，含钼约50％，并含有6％的氮，易溶于水。常用0.02-0.1％的钼酸铵溶液
喷洒。它对豆科作物和蔬菜的效果较好，对禾科作物肥效不大。
④锰肥：常用的是硫酸锰晶体（MnSO4·3H2O），含锰26-28％，是易溶于水的粉红色结晶。一般用含锰肥0.05-0.1％的水溶液喷施。
⑤铜肥：常用的是五水硫酸铜（CuSO4·5H2O），含铜24-25％，是易溶于水的蓝色结晶。一般用0.02-0.04％的溶液喷施，或用0.01-0.05％的溶液浸种。
⑥铁肥：常用绿矾（FeSO4·7H2O）。把绿矾配制成0.1-0.2％的溶液施用。
