许多杀虫剂和杀菌剂与碱性物质混合易分解失效或降低药效如有机磷类、氨基甲酸酯类、拟除虫菊酯类杀虫剂和二硫代氨基甲酸衍生物杀菌剂(福美双、代森锌、代森锰锌等)农药碱性条件下会分解，故不能与碱性农药混用，这些药剂不宜与碱性的石硫合剂、波尔多液混用(但杀螨剂尼索朗具有与碱性药剂混用的优点,不在其列)。大多数有机硫杀菌剂对酸性反应比较敏感，混用时要慎重。
混用后产生药害的不能混用石硫合剂和波尔多液混用；二硫代氨基甲酸盐类杀菌剂与铜制剂混用；福美双、代森环类杀菌剂和碱性药物混用，都会生成对作物产生严重药害的物质，因此不能混用。
具有交互抗性的农药不宜混用如杀菌剂多菌灵、甲基托布津具有交互抗性。混合用不但不能起到延缓病菌产生抗药性的作用，反而会加速抗药性的产生，所以不能混用。
物理性状被改变的不能混用混用农药时要注意不同成分的物理性状是否改变，混合后产生分层、絮结和沉淀、乳剂破坏、悬浮率降低甚至有结晶析出的也不能混用。乳油和水剂混用时，可先配水剂药液，再用水剂药液配制乳油药液。一些酸性且含有大量无机盐的水剂农药与乳油农药混用时会有破乳现象，要禁止混用。有机磷可湿性粉剂和其他可湿性粉剂混用时，悬浮率会下降，容易造成药害，不宜混用。
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