不科学的混栽果树会导致果树之间互相伤害，互相干扰，出现的问题如下：
一、果树分泌物造成伤害。核桃树与苹果树混栽，核桃树分泌的核桃醌会伤害相邻的苹果树。据报道，有的林业站在山北坡将核桃树与苹果树混栽，结果从栽植的第5年，苹果树开始死亡，到第10年，死亡率达71％。将苹果树与桃树株间混栽，栽后第7年苹果树还不能正常结果。
二、果树需水多少不同造成旱涝灾害。有的农户在梨园里补栽桃树，因梨树比桃树需水量多，按梨树需水情况浇水，结果导致桃树陆续死亡。如果顾及桃树而不给果园浇水，梨树也长不好。
三、加重果树病虫害。桃和梨树混栽，梨小食心虫以桃、梨互为寄主，易造成梨小食心虫的大发生。苹果树和桃树混栽，会加重根腐病，轮纹病，炭疽病的发生。苹果树和梨树混栽，长期潜伏在梨树上的果锈病原体会引起苹果果锈病。
四、果树施药矛盾多。波尔多液是苹果树和梨树最常使用的防病药剂。但桃树对波尔多液却非常敏感，生长期不能使用该药。若苹果园或梨园混栽桃树，因苹果树或梨树喷施波尔多液不可避免地要飘散到桃树上，从而导致桃树出现药害。另外，各种果树病虫害发生的种类不同、程度和时间各异，用药就会有所不同。该喷药的树在喷药时，不该喷药的树被动吸收药，会加速自身的害虫及病菌产生抗药性，并且伤害天敌。
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