首先选择抗病害能力强的烤烟品种，实行轮作，雨季做好排水的措施，及时揭膜培土，减少染病机会，也可用精甲霜锰锌可、普力克水剂、敌可松灌根，喷施二氯萘醌、代森锌、代森锰及代森铁防治气候斑点病，有虫害的话可培养天敌，也可选用烟碱乳油、苦参碱水剂。
烤烟种植中常见病害
1、黑胫病：黑胫病发的时候，茎基部呈现水渍状黑斑，纵剖病茎明显的黑褐色，病株叶片自下而上依次变黄，雨季过后温度较高的话，则全株叶片突然调萎，然后慢慢的枯死、掉落。
2、气候性斑点病：主要发生在下部成熟叶片上或者是正在展叶的叶片尖端，兵部出现水渍状小斑，2天后逐步变为灰色或白色，斑点常融合成大斑，容易破裂。
3、赤星病：一般发生于下部叶片上，会慢慢的往上蔓延，斑点也会不断的扩大，病斑有轮纹，干燥时可破裂脱落，环境湿度大的话有黑色霉层。
栽培烤烟主要虫害
烤烟主要的虫害有小地老虎、烟青虫、棉铃虫、烟蚜、烟蓟马等害虫，3月下旬烟蚜、棉铃虫将进入活跃期为害烟株。
烤烟病虫害防治
1、黑胫病：选择抗病害能力强的品种，实行轮作，雨季做好排水的措施，及时揭膜培土，减少染病机会，也可用精甲霜锰锌可、普力克水剂、敌可松灌根。
2、气候斑点病：增施磷钾肥，提高植株的抗病害能力，保持良好通风，降低田间湿度，喷施二氯萘醌、代森锌、代森锰及代森铁等药剂，均可减轻受害。
3、赤星病：一旦发现病株要及时的清理掉，还要喷洒药剂，常用的药剂是多抗霉素、菌核净、甲基托布津、退菌特。
4、虫害：可培养天敌，就像黄板、烟蚜茧蜂、瓢虫等，也可选用烟碱乳油、苦参碱水剂防治。
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