保护地每生产1000公斤芹菜需要吸收纯氮0.4公斤，磷0.32公斤，钾0.77公斤，氮、磷、钾的吸收比例为1.25∶1∶2.41。
育苗肥营养土的配制可以按体积比用1/2的菜园土与1/2的腐熟或半腐熟堆肥混匀后做营养土，并按重量的2%～3%掺入过磷酸钙。在出苗后30天左有，酌情追施一次低浓度氮肥，每畦追施硫酸铵0.2公斤或腐熟的稀人粪尿。
基肥由于芹菜根系浅，栽培密度大，在定植前整地时一定要施足底肥。每亩施入4000～5000公斤有机肥，30～35公斤过磷酸钙。20～25公斤硫酸钾，对于缺硼土壤每亩可施入1～2公斤硼砂。
提苗肥一般在定植后缓苗期间追肥，缓苗时植株生长很慢，为了促进新根和叶片的生长，可施一次提苗肥，每亩随水追施10公斤硫酸铵，或腐熟的人粪尿500～600公斤。
分次追肥从新叶大部分展出到收获前植株进入旺盛生长期，叶面积迅速扩大，叶柄迅速伸长，叶柄中薄壁组织增生，芹菜吸肥量大，吸肥速率快，要及时追肥。第一次每亩追施尿素7～9公斤或硫酸铵15～20公斤，硫酸钾10～15公斤。第一次追肥半月以后，芹菜进入旺盛生长期，细小白根布满地面，叶色鲜绿而发亮，叶面出现一些凸起，这时进行第二次追肥，用量与第一次相同。再过15天左右进行第三次追肥，肥料用量与第一次相同，或视芹菜的生长情况增加或减少肥料用量。
巧施微肥氮肥和钾肥每次施用量不宜过多，土壤中氮、钾浓度过高会影响硼、钙的吸收，造成芹菜心叶幼嫩组织变褐，并出现干边，严重时枯死。在植株缺硼时还容易产生茎裂，茎裂多出现在外叶叶柄的内侧。心叶发育时期缺硼，其内侧组织变成褐色，并发生龟裂现象。叶面喷施0.5%的硼砂水溶液可在一定程度上避免茎裂的发生。
