肥料在施用过程中有许多问题值得注意。具体来说应该搞清楚哪些肥料能混施，哪些不能混施。
碳铵与过磷酸钙混合施用，能使作物吸收到氮、磷等营养元素的同时还可中和过磷酸钙中一部分游离酸，消除其危害。但应注意，两者混合比例要适当，pH值保持在微酸性至中性，不可呈碱性，否则过磷酸钙中的水溶性磷在碱性环境中易转化成难溶性磷，从而降低肥效。
硝酸铵和氯化钾混合后的生成物中，有一部分为氯化铵和硝酸钾，它们比硝酸铵具有较好的物理性，潮解性较小，易于施用。但混合后不宜久放。
磷矿粉或钙镁磷肥与堆肥沤制。有促进磷肥肥效的作用。因堆肥中有机物分解后产生有机酸可使难溶解性磷肥转化为易溶态。
过磷酸钙和硝酸铵要随混随施，或先用10%至20%的磷矿粉或5%的草木灰中和过磷酸钙中的游离酸，然后混合施用。
尿素与氯化钾或过磷酸钙混合，可加入少量干厩肥或干泥炭(每500公斤肥料中加入50公斤)，随混随用。
铵态氮肥或粪肥不能与碱性肥料(如草木灰、钙镁磷肥等)混合，否则易引起氮素挥发损失。
过磷酸钙不能与碱性物质混合。否则会使可溶性磷酸变成弱溶性或难溶性磷酸，降低磷的有效性。
硝态氮肥不宜和有机肥，特别是未腐熟的有机肥混合，因为有机肥中的五碳糖是硝酸还原细菌的最适养料，会促使硝酸还原，造成氮的挥发损失。
