微量元素肥料主要是无机盐类或氧化物，一些矿物、冶金的副产物或废料，常常可以用做微量元素肥料的原料，其生产方法与无机化工产品的生产方法相同。此外，还有两种形态的微量元素肥料：一种是含有微量营养元素的玻璃态物质，由相应的无机盐或氧化物与二氧化硅共熔制成；另一种是金属元素的螯合物，例如铜、铁、锰和锌与乙二胺四乙酸(EDTA)制成的螯合物。这种螯合态微量元素肥料的使用效果好、速效，但是成本很高，尚未广泛使用。
由于单位面积的施用量很小，所以一定要用大量惰性物质稀释后才能施用，施用不均匀时会毒害部分作物。微量元素肥料常需混入常量肥料中一起施用。通常采用两种方法：在生产常量颗粒肥料中混入。这种方法比较方便、经济，不会产生养分不均匀现象，缺点是灵活性较差，难以满足市场的多种要求；把微量元素肥料粉末涂包在常量颗粒肥料的表面。这种操作可在二次加工厂进行，可随时满足市场的需要。常量颗粒肥料与微量元素肥料在小型混合器内混合约1分钟，然后喷入少量的油、水或微量元素盐类的水溶液，并继续混合，产品仍保持外观干燥。
微量元素肥料施用方法有土壤施用和叶面喷施两种。
土壤施肥常用的微肥除化学肥料外（如硼砂、硫酸锌、硫酸锰等），还有玻璃肥料、矿渣或下脚料，通常都用做基肥或种肥。其施用方法为：在播种前结合整地施入土中，或者与氮、磷、钾等化肥混合在一起，均匀施入，施用量要根据作物和微肥种类而定，一般不宜过大。如对水稻，硫酸锌每亩施用1公斤，硼砂一般每亩用0.5公斤至1公斤，并要与厩肥等有机肥混合均匀基施，防止集中施用造成局部危害。
根外追肥将可溶性微肥配成一定浓度的水溶液，对作物茎叶进行喷施。这种方法的优点是避免土壤中肥料不均匀造成危害，同时也可以在作物的不同发育阶段，根据具体的需要进行多次喷施，以提高肥效。有条件的地区在大面积施用时可采用机械操作或飞机喷洒，一般喷洒浓度为0.01%至0.05%。
此外，播种前用微量元素的水溶液浸泡种子或拌种，这也是一种最经济、有效的使用方法，可大大节省用肥量。
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