韭菜虫害主要有韭菜迟眼蕈蚊（韭蛆）、蓟马、蚜虫、葱须鳞蛾、潜叶蝇等；病害主要有灰霉病、疫病、菌核病等。针对不同栽培模式的保护地或露地韭菜，防治过程中应明确主要防控对象，采取相应的防控技术。
一、农业措施
因地制宜合理选择抗性品种；不施用未腐熟有机肥，均衡施肥；韭菜收割后可采取撒施草木灰、地面覆网或覆沙等阻隔措施减少韭蛆成虫产卵；避免前茬为百合科作物的地块种植韭菜，实行3年以上轮作，宜水旱轮作；保护地要实施高畦深沟、灌水少量多次，切忌大水漫灌，及时通风降湿，预防灰霉病发生。
二、因地制宜应用高温覆膜技术
4月底至9月中旬，选择太阳光线强烈的天气（光强度超过55000lux），采用“日晒高温覆膜法”防治韭蛆。早8点左右，用厚度0.10—0.12毫米的浅蓝色无滴膜覆盖（覆膜前1—2天割除韭菜），覆膜后四周用土壤压盖严实，膜四周尽量超出田块边缘50厘米左右。待膜内土壤5厘米深处温度达到40℃，且持续超过3小时，即可揭开薄膜降温避免对根伤害。揭膜后待土壤温度降低后及时大水漫灌，促进缓苗。
三、适时生物防治
防治韭蛆，宜选择春秋季节、阴雨天气或早晚阳光较弱时，
在韭菜根部喷淋施入每亩1亿条左右的昆虫病原线虫，再进行浇灌，每年施用2—3次；或在春秋季节低龄幼虫期，选用球孢白僵菌与细土混匀后撒施在韭菜基部。
预防灰霉病、菌核病和疫病，扣棚前，使用木霉菌或枯草芽孢杆菌，喷雾处理畦垄均匀覆盖菌剂后再扣棚。扣棚后，待韭菜长到5厘米左右时，喷施枯草芽孢杆菌粉剂（含量大于100亿孢子/克，微粉细度800目），每亩喷施100—200克，也可有效防治灰霉病、菌核病等病害。
四、科学合理用药
严禁使用国家和地方明令禁止在蔬菜上使用的高毒、高残留农药。交替使用农药，严格遵守用药剂量、用药方法和安全间隔期的规定。必要时，按照农业农村部《特色小宗作物农药残留风险控制技术指标》的要求，科学制定临时用药措施。
虫害防治：防治韭蛆，可选用灭蝇胺、氟铃脲、噻虫嗪、噻虫胺、氟啶脲等药剂；防治蚜虫，可选用高效氯氰菊酯、苦参碱等药剂；防治蓟马，可选用金龟子绿僵菌、噻虫嗪、乙基多杀菌素等药剂；防治潜叶蝇，可选用灭蝇胺、高效氯氰菊酯等药剂；防治葱须鳞蛾，可选用甲氨基阿维菌素苯甲酸盐、高效氯氰菊酯等药剂。
病害防治：在发病前或发病初期，防治灰霉病，可选用腐霉利、嘧霉胺等药剂以及采取异菌脲、啶酰菌胺等临时用药措施；防治疫病，可采取烯酰吗啉、氟啶胺、氰霜唑等临时用药措施。
