水库施肥能促进浮游植物生长，为鲢、鳙鱼提供充足饵料。与农作物施肥相似，氮、磷、钾必须适当搭配。氮肥以尿素、硫化铵、硝酸铵和碳铵为主，其中尿素含氮最高，而碳铵最便宜，且见效快、利用率高，效果很好。水库因水面大、农家肥一般不能满足鱼类摄饵的需求，必须以施化肥为主，其见效快、成本低，投入产出比约为l:2。
养殖前期，由于水体含钾量较多，可只施氨、磷肥。尿素和过磷酸钙的施用比例为l:2。若施用碳铵，则与其过磷酸钙的比例应为2:1。养殖中后期应施一定比例的钾肥，碳铵、过磷酸钙和氯化钾的百分比为70:22:8。
水库施肥必须先施磷肥、后施氨肥，次序既不能颠倒，也不能同时进行，以防产生无肥效、反而有毒的偏磷酸；也不能施用颗粒或粉状原肥，以防鱼类误食中毒，应将其溶化并稀释后，选择光照条件好的水面用喷雾器均匀喷洒。气候正常时溢洪道进口不宜施肥，暴雨时期大量溢洪时停止施肥。施肥时间、数量与水温关系密切，光照好、水温20℃以上时，浮游植物生长快，施肥后7－10天即被充分利用，所以6－9月应每隔7－10天施化肥一次，时间选择睛天上午的8－10时，阴雨天不宜施用，而6月以前及9月下旬至10月应每隔10－15天施一次，时间和施用量应视水质和水温而定，每次施肥3－3.5kg为宜，透明度保持40cm以上。
