在农药混用时应尽量避免不良的化学反应。不同的农药有不同的化学性能，因而了解各类农药可能发生的化学变化，对考虑农药的复配混用是很必要的。
有机磷农药大多数具有酸性，在碱性条件下不稳定，容易分解生成无生物活性的物质，失去防治效果。如杀螟松、马拉硫磷、乐果等杀虫剂及稻瘟净、异稻瘟净等杀菌剂，都不能和碱性农药复配混用。与此相反，八甲磷在碱性介质中稳定，在酸性介质中反而容易分解。
氨基甲酸酯类农药和有机磷农药一样，遇碱容易分解失效，不宜和碱性农药复配混用。
在有机硫类杀菌剂中，二硫代氨基甲酸衍生物如代森锌、福美锌、福美双等，虽然有一定的稳定性，但在强碱性条件下易分解失效，不宜和碱性农药复配混用。内吸性杀菌剂如多菌灵、硫菌灵、三环唑等，都有一定的稳定性，适合与许多保护性杀菌剂混用。
植物性农药性质比较复杂，一般与有机合成的药剂复配混用时不起多大的化学作用，对药剂的效果影响不大。
在农药复配混用中，最容易发生化学反应、降低药效、出现药害的是无机农药。在无机农药中，碱性农药和含金属元素的农药最多，它们在复配混用中最容易使其它农药分解失效，或产生药害。因而，两种或几种农药是否适于复配混用，必须通过试验加以证实。
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