对于设施果树来说，通过根系修剪调节根系生长发育，进而调控地上部生长发育状况，比直接对地上部采取措施，效果更为直接有效。根系修剪可对树体产生一系列良性反应：使树体营养生长消弱、树体矮化、短枝比例增加，花芽分化多。树体中氮素营养水平下降，碳素营养水平提高，碳氮比增加，有利于成花。果树设施栽培中，可较多地利用根系修剪技术，以利于控旺促花，安全越夏。
根系修剪的时间以花期和新梢旺长期为宜，旺树可修剪两次，中庸偏旺树可修剪一次，弱树不修剪。根系修剪后的效应时间一般持续30~45天，之后恢复根系建造。根系修剪的方法主要有两大类。
物理修剪法利用人工或机械等物理手段将根（尤其是垂直根、粗大根）切断操作，以达到修剪的目的。可用手工法，即把根系挖出并用剪刀或其它工具将根切断，也可用特制的机械装置将根系在一定范围内切断。
化学修剪法利用一些化学药品将根致死或抑制其生长，以实现修剪的目的。常用的化学药物主要是铜离子制剂，如碳酸铜、硫酸铜、环烷酸铜等。这些化学制剂可用于抑制侧根，也可用于除去直根。
不论哪种根系修剪法，在具体应用时，应根据树体年龄、生长发育状况、生产的目的等因素综合考虑，灵活掌握，切勿使用过量，导致伤害大，副作用多，达不到应有的效果。
