通常来讲，水溶性复混肥配方更合理、养分更多元、对作物更有针对性，但生产中施用不合理也会造成肥料浪费甚至起负面作用。下文就其合理施用提些建议。
少量多次注意平衡
少量多次是水溶性肥料最重要的施肥原则，符合植物根系不间断吸收养分的特点，减少一次性大量施肥造成的淋溶损失。少量多次施用是水溶肥料利用率高的最重要原因。一般每次每亩用量在3-6公斤。
水溶性肥料通常浇施、淋施或通过灌溉设备施用。特别在滴灌施肥条件下，根系生长密集、量大，这时对土壤的养分供应依赖性减小，更多依赖于通过滴灌提供的养分。对养分的合理比例和浓度有更高要求。如果配方不平衡，会影响作物生长。
合理灌溉避免过量
了解灌溉水的硬度和酸碱度能避免产生沉淀，提高肥效。特别是对于盐碱土壤地区，磷酸钙盐沉淀非常普遍，是堵塞滴头的原因之一。同时磷酸盐沉淀也是降低磷肥效果的重要原因。
就灌溉量来说，一般使根层深度保持湿润即可。根层深度依不同作物差异很大，可以用铲随时挖开土壤了解根层的具体深度。过量灌溉不但浪费水，严重的是养分淋洗到根层以下，浪费肥料，作物减产。特别是尿素、硝态氮肥（如硝酸钾、硝酸铵钙、硝基磷肥及含有硝态氮的水溶性肥）极容易随水流失。在与其它肥料的配合施用时，通常水溶肥只做追肥。在推荐施肥时，应基肥与追肥结合，有机肥与无机肥结合，水溶肥与常规肥结合。不要强调水溶肥代替其它肥，要配合使用，降低成本，发挥各种肥料的优势。
滴灌施用的注意事项
首先，滴灌施肥时，先滴清水，等管道充满水后开始施肥。施肥结束后立刻滴清水20-30分钟，将管道中残留的肥液全部排出（可用电导率仪监测是否彻底排出）。如不洗管，可能会在滴头处生长青苔、藻类等低等植物或微生物，堵塞滴头。
其次，大棚或温室长期用滴灌施肥会造成地表盐分累积，影响根系生长。可采用膜下滴灌抑制盐分向表层迁移。
再其次，注意施肥的均匀性。滴灌施肥原则上施肥越慢越好。特别是对在土壤中移动性差的元素，延长施肥时间，可以极大地提高难移动养分的利用率。在旱季滴灌施肥，建议施肥时间2-3小时。在土壤不缺水且保证均匀度的前提下，越快越好。
最后，注意安全施用。要防止肥料烧伤叶片和根系，特别是容易出现烧叶现象的喷灌和微喷灌施肥。通常控制肥料溶液的EC值在1-3ms/cm，或每方水溶解1-3公斤，相当于稀释350-1000倍，或喷施肥料后喷一次清水。淋施浇施时同样要防止浓度过大烧根烧苗。有些种植户一方水加入70公斤水溶肥料淋菠萝，造成根系死亡。生产中最保险的办法就是用少量肥做试验，发现对叶片有伤害时降低浓度应用。对一些大的种植户购买手持电导率仪来监测肥料浓度是一种可行的办法。特别对水源盐分浓度高的地区更加实用。
