科学使用菌肥，具有改土肥地、壮树优果、延长树体经济寿命等诸多好处，施用过程中应特别注意以下几个方面：
摸清“脾气”
菌肥不是速效肥，但与果园生草、有机肥搭配，可以起到速效肥无法代替的农业持续增效，且延长经济寿命的作用。
菌肥既不能与杀菌剂，杀虫剂、除草剂同用，也不能与含硫化肥（如硫酸钾）以及草木灰、未腐熟的农家肥等混配。同时，不适用含碱、含硫较高的土壤和锈水田地。因为这些药、肥很容易杀死生物菌。
对于多年施用化肥的田块，施用菌肥时，切忌一次性减少化肥用量。因为作物对化肥本身产生了依耐性，用菌肥取代化肥不能一下子适应。生物菌肥可以提高土壤活性，促进植物对氮磷钾的吸收，并能提高化肥的利用率。但它不能代替化肥。
在果树的营养临界期和营养大量吸收期前7天～10天施用效果最佳。
科学施肥
因量制宜生物菌肥不是化肥，单一使用效果不佳。必须与适宜的肥配合，才能发挥肥效。生产证实，生物菌肥最好与果园生草、商品（腐熟）有机肥、生物矿质元素配合最好，以免杀死菌种，影响肥效。
因温制宜使用生物菌肥最好在生长期施肥。使用时必须借水或配合肥水一体化，以创造最佳适宜环境，发挥最佳效果。
科学搭配使用生物菌肥最好选用厂家系列配方种类，以免搭配不适，影响肥效。
切忌乱配与杀菌剂、含硫、未腐熟的农家肥等混配，影响效果。
