肥料使用必须满足作物对营养元素的需要，使足够数量的有机物返回土壤，以保持或增加土壤肥力及土壤生物活性。所有有机或无机（矿质）肥料，尤其是富含氮的肥料应对环境和作物（营养、味道、品质和植物抗性）不产生不良后果方可使用。
一、生产AA级绿色食品的肥料使用原则
1、必须选用规定的肥料种类（农家肥、商品肥料），禁止使用任何化学合成肥料。
2、禁止使用城市垃圾和污泥、医院的粪便垃圾和含有害物质（如毒气、病原微生物、重金属等）的垃圾。
3、各地可因地制宜采用秸秆还田、过腹还田、直接翻压还田、覆盖还田等形式。
4、利用覆盖、翻压、堆沤等方式合理利用绿肥。绿肥应在盛花期翻压，翻埋深度为15厘米左右，盖土要严、翻后耙匀。压青后15-20天才能进行播种或移苗。
5、腐熟的沼气液、残渣及人畜粪尿可用作追肥。严禁施入未腐熟的人粪尿。
6、饼肥优先用于水果、蔬菜等，禁止施用未腐熟的饼肥。
7、叶面肥料质量应符合GB/T17419或GB/T17420的技术要求。按使用说明稀释，在作物生长期内，喷施二次或三次。
8、微生物肥料可用于拌种，也可用作基肥和追肥使用。使用时应严格按照使用说明书的要求操作。
9、选用无机（矿质）肥料中的煅烧磷酸盐，硫酸钾，质量应分别符合附录绿色食品的技术要求。
二、A级绿色食品的肥料使用原则
1、必须选用AA级绿色食品的肥料种类。如以上的肥料种类不够满足生产需要，允许按要求使用化学肥料（氮、磷、钾）。但禁止施用硝态氮肥。
2、化肥必须与有机肥配合施用，有机氮与无机氮之比不超过1:1，例如，施优质厩肥1000公斤加尿素10公斤（厩肥作基肥、尿素可作基肥和追肥用）。对叶菜类最后一次追肥必须在收获前30天进行。
3、化肥也可与有机肥、复合微生物肥配合施用。厩肥1000公斤，加尿素5-10公斤或磷酸二铵20公斤，复合微生物肥料60公斤（厩肥作基肥、尿素、磷酸二铵和微生物肥料作基肥和追肥用）。最后一次追肥必须在收获前30天进行。
4、城市生活垃圾一定要经过无害化处理。每年每亩农田限制用量：黏性土壤不超过3000公斤，沙性土壤不超过2000公斤。
5、秸秆还田：同AA级要求，还允许有少量氮素化肥调节碳氮比。
