目前，蔬菜病虫害防治仍以化学农药防治为主，过量、频繁施用化学农药造成了严重的蔬菜和环境污染。蔬菜病虫无公害综合治理应采取以抗病品种和培育无病壮苗为基础，定植后以病害初期准确诊断后，运用高效安全的化学及生物农药为主，结合栽培防治、生态防治及物理防治的综合技术。
1、合理轮作。与葱和蒜轮作能减轻果菜类真菌、细菌和线虫病害；冬、春茬蔬菜与水稻轮作能减轻枯萎病等土传病害的发生；种植短季速生蔬菜如菠菜、小白菜等，收获时根内的线虫被带出土壤，可减少下茬线虫基数。
2、换根嫁接。应用砧木的抗病性来提高抗土传病害的能力和增强植株抗寒性。在黄瓜、西瓜、甜瓜枯萎病、茄子黄萎病重发区，推广抗病砧木及嫁接技术，能达到控病增产的目的。
3、土壤消毒。土壤加入石灰可以改变土壤的酸碱度，抑制大部分病原菌的繁殖。另外，通过淹水能加速菌核等越冬病原菌的腐烂。
4、根围土壤微生物群落结构调控。在土壤中创造无氧环境，能促使腐生菌繁殖，减少寄生菌的数量。每亩用麦草1000-2000千克+消石灰100千克+拮抗微生物(生态肥)，然后翻耕，做畦，灌足水，覆盖塑料薄膜，封闭大棚20天左右，土壤20厘米处温度可达45℃，地表可达70℃以上，创造了适合腐生菌生长，不适合寄生菌生长的环境，此措施对大白菜软腐病防效可达60％以上。
5、棚室环境调控。根据蔬菜和病害对环境的要求不同，创造一个不利于病害又能保证作物生长的环境，形成具有针对性的防治。如黄瓜霜霉病的防治：黄瓜喜温，23-30℃光合作用最强，20-25℃有利于营养物质的输送和转化；10-30℃最有利病害发展。当日平均气温低于10℃时少通风早封棚，以增温保湿为主，湿度大也不会发病；日平均最低气温稳定在10-13℃，日出尽快升至28-30℃，大于30℃放风排湿，相对湿度降至60-70％时，再升至30℃(高温满足光合作用，低温阻止病菌侵染)，下午降温通风，保持温度20-25℃，相对湿度60％左右，以低温控制病菌萌发侵染，促进光合产物转化；日平均气温超过15℃，整夜放风，灌水应放在早上低温时进行，灌水闭棚，温度升至30℃时再放风。霜霉病发生后，采用高温闭棚的生态防治措施，利用晴天进行，将温度升至45℃（生长点），保持2小时后立即放风降温，每7天1次，连续2-3次。
6、叶面微生态调控。霜霉病、黑星病、灰霉病、细菌性角斑病等病害的发生流行与叶面结露密切相关。在棚室中通过腹膜和滴灌浇水、放风、控温湿，使叶面结露时间不超过4小时；可抑制病菌的侵染。侵染蔬菜的大部分真菌均喜酸性，通过喷施一定的化学试剂可以改变寄主表面的微环境，从而抑制病原菌的生长和侵染。
7、防虫网应用。应用防虫网防治各种害虫，可减少农药用量，降低污染。用0.6毫米(30目)防虫网能很好地控制小青菜上各种害虫，控制效果达85％以上。利用防虫网对豇豆上美洲斑潜蝇及豇豆荚螟的控制效果在95％以上。
8、选择利用生物制剂。利用木霉菌、武夷霉素、多抗霉素防治灰霉病、菌核病；农抗120肪治白粉病、叶霉病、炭疽病、枯萎病、黄萎病；多效霉素、多抗霉素防治霜霉病、晚疫病；农用链霉素、新植霉素防治细菌性病害；阿维菌素防治根结线虫等。小菜蛾、菜青虫、棉铃虫、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等鳞翅目害虫可用灭幼脲3号、氟苯脲、抑太保、除虫脲、米满、锐劲特、除尽、核多角体病毒、苏云金杆菌等防治；蚜虫、飞虱等用吡虫啉、啶虫脒防治；叶螨用阿维菌素防治。
