转基因植物主要具有三方面的优势，第一，转基因让植物具有保护性状，这些转基因植物相比正常的植物它们的抗病能力会更强一点。第二，转基因技术让食物具有特殊功能、作用或风味，经过基因修饰后，作物本身的口感和味道都会更好。第三，转基因改善营养，利用生物技术改善了作物中的营养成份。
转基因技术在制药行业取得成功，从而在农业上的应用也逐渐展开。第一个转基因品种是烟草，是把一种抗病毒基因转到烟草里，中国是第一个把转基因烟草商业化的国家。
转基因植物的优点
但长久以来，人们对转基因农作物的质疑和批评声，从来就没有停止过。事实上，转基因作物主要具有三方面的优势。
让植物具有保护性状
植物与病虫害一起共同演化了四十几亿年，形成了自己的防御系统。人类为了栽培和增加作物产量，先是从自然界中获取的物质来防治病虫害，后来才人工合成杀虫剂和抗疫病药。
利用生物技术进行组合性状，让农作物有两个以上保护性状，可以简化农民的劳动，提高产量。比如现在的玉米有抗除草剂与抗虫品种，大豆也有两者兼顾的品种，经济作物有抗虫棉花等。
让食物具有特殊功能、作用或风味
比较典型的例子就是第一个转基因大番茄，有延迟成熟的特点。美国正在研发的低丙烯酰胺薯条，有能力降低炸薯条产生的致癌物丙烯酰胺。
通过转基因还可以使苹果减少褐变的沉默多酚氧化酶的苹果，还有未来正在研发的增加面筋含量。还有一系列使蔬菜更加延长保鲜期，让水果风味更浓、延迟成熟等。
转基因粉菠萝
2020年10月上市的粉菠萝，则是美国著名水果公司Del Monte培育16年的网红水果。它虽然长得普通菠萝模样，切开以后是少女心的粉嫩颜色，像跟西瓜杂交了。
实际上是经过基因修饰，把菠萝本身含有的番红素转化成黄色胡萝卜素的酶含量减少。从而使菠萝保留更多的番红素，减少胡萝卜素的产生，让菠萝果肉呈现西瓜般粉色。
这种菠萝不仅更加漂亮，水分更足，味道也更甜，由于番红素强抗氧化的生物特性，这种粉菠萝还能保护心血管，具有更高的营养价值。
改善营养
利用生物技术改善作物的营养成份也很重要。比如，研发成功的转基因黄金大米，在大米中转入胡萝卜素，让贫困地区的孩子能够改善维生素A缺乏症。中国自主研发的植酸玉米也是提高营养的品种。
转基因玉米
磷是动物的一种营养元素，在玉米饲料是以植酸形式存在的，牲畜不能消化利用，通过植酸酶可以将其转化为可利用的无机磷。
转植酸酶基因玉米解决了植酸中的磷不可利用的问题，提高了玉米饲料的营养，减少动物磷排泄污染，是很环保的。
转基因大豆
美国已经上市的高油酸大豆也是提高营养的，这种增加了高油酸的食用油可以来代替氢化油，避免反式脂肪的问题。
这类提高营养的转基因作物可以让消费者直接得到好处，比现有的第一代转基因产品更加让人容易接受，也更能体会其益处。
