种子繁育中药材用种子繁育最为普遍。种子繁育技术简单，利于引种驯化和新品种培育。但是种子繁育的后代容易产生变异，开花结实较迟，尤其是木本中药材用种子繁育所需年限很长。所以中药材良种繁育，一是加速繁育新的优良品种，以便更换已在生产上应用的老品种；二是保持新品种的优良性状，防止混杂和退化。如元胡的块茎分母元胡和子元胡，生产上必须用子元胡作种才能优质高产。又如贝母，因繁育系数很低，为保证种子的质量，生产上常将商品贝母生产地和种子繁育地分开。
营养繁育营养繁育在中药材栽培中约占35％，如分根、分株或用鳞茎、块茎、珠芽等繁育。有些中药材收种子非常困难或不结种子，如黄连、川芎等，生产上一直采用营养繁育。中药材用营养繁育比用种子繁育生长快，产量高，生长年限短，并能保持母本优良性状，故多采用。如贝母用鳞茎繁育1年即可收获，种子繁育需5年才能收获。但有时长期营养繁育易引起品种退化，如地黄、山药等，须注意随时去杂、去劣，适时倒栽，防止退化。天麻长期营养繁育，品种退化严重，用天麻种子繁育(树叶菌床法)，长势增强，既解决了品种退化问题，又解决了种源缺乏问题，产量和质量并增。
组织培养中药材的组织培养就是把分离出来的中药材组织（根、茎、叶的段、片、块等）放入含有一种合成培养基的瓶中，于无菌操作条件下使之生长或发育。它利用中药材体细胞的再生能力，培育出保持原品种固有性状和特性的植株，是现代先进的中药材快速繁育技术。在中药材GAP（中药材生产质量管理规范）种植中，常用组织培养的方法进行无病毒植株育种和生产无公害的绿色中药材。如地黄农家品种金状元，经过茎尖培养所得无病毒苗与原品种相比，病害轻，产量高，可使因感染病毒而退化的品种复壮。故应用生物技术进行中药材优良品种的培育（包括多倍体育种和其他育种技术）和克隆化快速繁育，然后按国家GAP要求建立大面积生产基地，是从根本上解决我国中药材质量问题的有效途径之一。
