一、初加工
1、种子类药材：一般果实采收后直接晒干、脱粒、收集种子。而薏苡、决明子等需去种皮和果皮；杏仁、酸枣仁等要击碎果核,取出种仁；五味子、女贞子需要蒸，以破坏药材易变质、变色的酵素。
2、花类药材：红花、芫花、金银花、玫瑰花、月季花等采后应放置在通风处摊开阴干或在低温下迅速烘干，以避免有效成分的散失,保持浓郁的香气。杭白菊等则需先蒸再进行干燥。
3、果实类药材：一般果实类药材采收后直接晒干或烘干即可，但果实大又不易干透的药材，如佛手、酸橙、宣木瓜等应切开干燥。以果肉或果皮入药的药材,如栝楼、陈皮、山茱萸等应先去除瓤、核或剥皮后干燥。此外，乌梅等药材还需经烘烤、烟熏等方法加工。
4、皮类药材：一般采后趁鲜切成片或块，再晒干即成。而丹皮、椿根皮、黄柏皮等在采收后应趁鲜刮去外层的栓皮,再进行干燥；肉桂、厚朴、杜仲等树皮类药材采后应先用沸水略烫后加码叠放,使其“发汗”，待内皮层变成紫褐色时再蒸软刮去栓皮，然后切成丝、片或卷成筒进行干燥。
5、全草类药材：采收后宜放在通风处阴干或晾干，尤其是含芳香挥发油类成分的药材，如薄荷、荆芥、藿香等忌晒,以避免有效成分损失；紫苏、薄荷、断血流等药材在未干透前应扎成小捆，再晾至全干。一些含水量较高的肉质叶类，如马齿苋、垂盆草等应先用沸水略烫后再进行干燥。
6、根及地下茎类药材：一般须先洗净泥土，除去须根、芦头和残留枝叶后进行大小分级，再趁鲜切片、块或段，然后晒干或烘干,如白芷丹参、牛膝等。而天冬、百部等肉质性、含水量较高的块根及鳞茎类药材应先用沸水稍烫一下,然后再切成片晒干或烘干；玄参、莴根等粗大根茎类药材应趁鲜切片后进行干燥；丹皮、桔梗等干燥后难以去皮的药材,应趁鲜刮去栓皮；天麻、地黄、玉竹、黄精、何首乌等含淀粉、浆汁足的药材应趁鲜蒸制，然后切片晒干；北沙参、明党参等应先放入沸水中略烫一下，再刮皮、洗净、干燥。此外，如丹参、玄参、白芍等药材需先经沸水煮，再经反复“发汗”才能完全干燥。
二、贮藏
1、含挥发油类药材：细辛、川芎、白芷、玫瑰花、玳玳花、佛手花、月季花、木香、牛膝等药材受温度、湿度、氧气和光线的影响后易变色、走油、变味,不宜长期暴露在空气中。因此，此类药材宜用双层无毒塑膜袋包装,并在袋中放少量生石灰、明矾或干燥的锯木屑、谷壳等物，扎紧后贮藏于干燥、通风、避光处。
2、果实、种子类药材：郁李仁、薏苡仁、柏子仁、杏仁、芡实、巴豆、木鳖子、莲子肉等药材多含淀粉、脂肪、糖类、蛋白质等成分，若遇高温则其油易外渗，使药材表面出现油斑污点，引起变质、酸败和走味。因此,此类药材不宜贮藏于高温场所，更不宜用火烘烤，应放在陶瓷缸、坛、玻璃缸、瓶或金属桶等容器内，贮藏于阴凉、干燥、避光处。有的则宜先经文火加热清炒或沸水烫氽等干燥和消毒灭菌后再装入容器内贮藏，以防虫蛀和霉烂。
3、淀粉类药材：明党参、北沙参、何首乌、大黄、山药(淮山)、葛根、泽泻、贝母等宜用双层无毒塑膜袋包装扎紧后放在装有生石灰、明矾或干燥锯木屑、谷壳等物的容器内贮藏，以防虫蛀、回潮、霉烂。
4、含糖类药材：白芨、知母、枸杞子、玉竹、黄精、何首乌、地黄、天冬、党参、玄参等含糖类较高的药材易吸潮而糖化发粘,且吸潮后不易干燥，极易霉烂变质。因此，这类药材首先应充分干燥，然后装入双层无毒的塑膜袋内包好扎紧,放在密封的陶瓷缸、坛、罐内，贮藏于干燥通风的地方,且容器内放些生石灰、明矾或干燥新鲜的锯木屑、谷壳等物防潮。
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