一、畸形菇发生的原因
1、品种选择不当。如海拔高的山区，应选中、低温菌种为宜。若误用高温型菌种，冬季菇蕾一出现，遇低温便萎缩不长，形成"松果菇"。
2、发菌管理不当。在菌丝体培育期间，如果发菌室光照过强，靠近窗口的菌袋原基提早形成，袋内菇蕾早现，受袋壁挤压，无法正常伸展。因此，脱袋后第1批菇容易出现畸形。
3、脱袋转色不合标准。有的菇农单凭菌龄，而未掌握菌丝成熟的条件。因此，脱袋转色差，菇态畸形。
4、菌筒浸水不适宜。早熟品种一般出菇2-3批后，菌筒水分下降，需浸水补液。但有的菇农采用的是晚熟品种，也跟着浸水（此时正是晚熟品种处于形成原基时期），一遇水分刺激，迫使原基提早分化，只长菌柄，便形成了"蜡烛菇"。
5、控湿保温不合理。冬季气温低，菇床上薄膜罩不严，受寒风袭击，正在生长的菇蕾就萎缩干枯成畸形；相对湿度低于70%时，则会出现菇柄柔软或空心。
二、防止措施
1、了解菌性，防止引种失误。栽种前，首先需弄清菌种特性，选合适的品种，以此安排接种季节，推算预定的接种时间。
2、了解菌丝成熟特征，防止盲目脱袋。脱袋过早，菌丝未达到生理成熟，变异菇就多。菌丝生理成熟应掌握"1个菌龄、3条标准"。"1个菌龄"即从接种之日起，经过60天左右；"3条标准"是，袋内瘤状突起的泡沫菌丝占整个袋面的2/3，局部出现棕褐色；手握菌袋有松软弹性感。此时脱袋才适宜。
3、掌握转色规律，防止温度失控。转色期间要注意气温变化，头3天在25℃以内，菇床上的盖膜不必揭开通风。在正常情况下，12天转色结束，3天后出现第一潮菇。转色时，要求温度不能低于12℃，不能高于25℃，出菇期的最佳温度为15℃。
4、掌握变温原理，防止温差刺激不够。变温适当，出菇多，形态好，无畸形菇。正确的变温法是白天用薄膜罩住菇床，晚上12时后揭开薄膜1小时，使日夜温差在10℃以上，菇蕾大量发生。要求在转色后连续变温3-4天。
5、及时适量浸水，防止水分过高过低。菌筒含水量低于40%时，出菇难，小形菇多。一般以菌筒的重量比原来下降30%时，可进行浸水，以吸水后达到制袋时重量的95%就足够了。若吸水过饱，易造成菌丝呼吸困难，影响正常长菇。
6、催菇方法要适当，防止偏干偏湿。每采完一批菇后，必须揭膜通风6-7天，使菌丝吸足氧气，以恢复生长能力，然后转入喷水保湿，干湿交替，催促下一潮菇蕾发生。
7、适时采收。防止过熟。可在菇盖有卷边、菇柄适中时采收。一般每天采菇1次，但春季产菇高峰期，有时每天要采菇2次。
