使用草甘膦最重要一条就是要选定最佳用药时期。草甘膦是内吸传导型除草剂，所以要在杂草生长最旺盛时用药，应以开花前用药为最佳时期。一般禾本科杂草对草甘膦较敏感，能被低剂量的药液杀死，而防除阔叶杂草时则要提高浓度；对一些多年生的根茎繁殖的恶性杂草则需要较高的浓度，杂草叶龄大、耐药力提高，相应的用药量也要提高。
其次是要讲究环境条件。在24~25℃范围内，随着温度的升高杂草对草甘膦的吸收量增加一倍，因此大气温度高比气温低时用药效果好。空气相对湿度高可延长药液在植物表面的湿润时间，有利于药物的传导。土壤干旱含水量少时不利于植物的新陈代谢，因而不利于药物在杂草中传导，所以药效也下降。
再次有些除草剂如二甲四氯、百草枯等速效型除草剂是不能与草甘膦混配的，以免杂草地上部分过早死亡，丧失了对草甘膦的内吸传导功能，降低了草甘膦对地下杂草根茎的杀灭效果。但草甘膦中加入一些植物生长调节剂和辅剂(有机硅)可提高防效。
第四是选择最佳的施药方法。用药方法对草甘膦防除杂草很关键，因为在一定的浓度范围内浓度越高，喷雾器的雾滴越细，有利于杂草的吸收。在浓度相同的情况下用量越多则除草效果越好。
草甘膦是一种灭生性的除草剂，如果使用不当会给农作物带来安全隐患。要注意定向喷施，不要喷到其他的作物上。草甘膦需要一段时间降解，清茬后10天左右再移栽作物比较安全。
