1、赤腐病
赤腐病是由腐霉病菌引起的叶状体上出现圆形的红锈色斑点病，随着病情的发展，病斑部分扩大，或再度感染出现很多小斑点并逐渐漫延导致溃烂脱落。可用酸碱性表面活化剂、非离子表面活化剂等杀死菌丝，也可在发病初期增加叶状体干出时间抑制发病，冷藏法亦可除去部分病菌。
2、壶状菌病
壶状菌病是由壶状菌寄生而引起的紫菜叶状体疾病，发病时出现叶状体停止生长、细胞溃烂、藻体变短等症状。壶状菌病在中国尚未发现。发病时肉眼不易察觉，病悄较重时叶状体褪色且前部边缘出现黄色病斑，一旦发病不易控制。日本用核染色法及时发现病菌，将紫菜网帘入库冷藏，以减少在海区内感染蔓延。
3、绿斑病
绿斑病是由丝状细菌等引起的幼叶或成叶阶段的疾病，发病时出现绿色小斑，进而出现小水泡、破裂、以及溶胶现象。绿变病发病时叶状体变绿。后腐烂流失。发病前及时下降水层并施肥，可防止或减缓绿变病的蔓延。
4、白腐病
白腐病因叶状体干出不足、水流不畅及光照不足所致。发病初期叶状体前端变红，后由黄绿变白，逐渐溃烂、流失。浮架和网帘排放不要过密，网帘要绷紧，保证足够的干出时间，及时采收，使水流畅通等可抑制此病。
5、烂苗病
烂苗病一般在幼苗时发生，幼藻体逐渐褪色，后尖端变白，藻体弯曲，腐烂流失。采苗时防止密度过大，筏架布局要合理。日本采用发病前将网帘入冷库冷藏的办法效果很好。
6、缩曲症
缩曲症的病因目前还不清楚，右田清治曾指出其发病的原因很可能是工业污水或其它化学因子或细菌引起的，由于这些环境因子的诱导，紫菜细胞分裂发生异常，细胞形成多层，排列混乱，持续下去叶片就形成缩曲。据调查发现，光照过强、潮位过高的海区发病率较高，遇到暖冬季节和污染严重的海区也较多发，因而可以认为海况环境条件是缩曲症的诱发因子之一；另外，在正常的实验室培养条件，也有极少量的紫菜产生了缩曲症的典型症状，因而可以认为紫菜存在着个体差异、本身可能也具有潜在的发病机制阁。
7、癌肿病
癌肿病发病时叶状体皱缩、色黄带黑、无光泽、呈厚皮革状。此病多由工厂废水排放使海水中含有毒物质引起，应消除海区污染源或避免在这些海区进行栽培。
8、硅藻附着症
江苏、浙江两省部分海区的紫莱上硅藻附着严重，致使紫菜生长受阻，造成了极大的经济损失。同时硅藻附着症还往往并发其它病害，极大地影响着这些海区的紫菜栽培生产，在日本也把硅藻附着症列为紫菜的主要病症之一。硅藻一开始大部分容易附着在紫菜叶状体的边缘，形成一簇簇深褐色的斑点，针杆藻、弯杆藻等是通过分泌粘质丝粘着在紫菜上的，短纹楔形藻则借助壳面基部分泌出来的粘质柄粘着在紫菜藻体上，粘质柄往往形成分枝，这样每簇粘质柄上就有很多个锲形藻，形成了一个群体。在硅藻大量附生的紫菜叶状体上，粘质柄密集粘着，细菌大量繁殖，导致紫菜细胞色素消退，光合作用受阻，生长也变得十分缓慢，甚至停止，紫菜的采收也随之大幅度地减产。日本曾用二氧化锗和多种除草剂除硅藻，但是使用这些药剂来处理紫菜既存在着食品卫生的问题。又会涉及到经济核算。而后，也有人提出采用机械的方法在实际应用上也有待于进一步研究解决。
