目前紫菜病害主要采用的有以下几种防治方法。
1、合理控制栽培密度
栽培密度过高可能引起病害的蔓延，应注意海区的栽培密度必须合理，注意筏距、台距等海区布局，防止过密的倾向。密切注意气温、水温等环境因子的变化。如浙江10～11月上旬，应密切注意气温、水温的回升。
2、冷藏网技术
日本对病烂原因作了大量的调查研究。到目前为止，除了冷藏网换网之外，还没有找到根本的防治方法。仓挂武雄提出短期冷藏有利于提高紫菜的品质。冷藏网技术是把紫菜苗网放到温度为-18～-20℃的冷库中冷藏，待海况环境稳定。渡过栽培海区病害易发时期，再将冷藏后的紫菜苗网出库下海张挂。使紫菜正常生长，可以达到减害避灾，稳定紫菜生产的目的。然而在具体实施时，须把紫菜阴干到含水量为20%～40%，并及时收入冷库，冷藏后再重新张挂到海区，这样需要花费一定劳力，亦需具备必要的制冷设施。
3、加大科技投入，培育抗病优质品种
围绕紫菜生产发展中迫切需要解决的紫菜种质老化问题，加大科技投入，选用自然的优质健壮紫菜为种菜，通过基因工程中的细胞融合、核移植等新技术及单株选优等提高苗种的免疫机能，培育出适合海区的抗病、优质、高产的地方性新品种，以提高产品的产量和质量。
4、酸碱法和干燥法去除硅藻
紫菜的细胞壁比较密集，透过性较低，即使遇到酸、碱的作用，细胞内部不会有显著的变化，但是硅藻的细胞壁透过性很高，渗透性难以调整，因而往往对酸、碱的忍耐力就远较紫菜要弱得多。
在自然界，紫菜是一种生长在潮间带的海藻，具有极强的耐干早的能力，适度的干燥对紫菜不仅没有不良影响，反而促进它的健全生长与发育。但干燥对附着的硅藻的影响很大，连续干燥6d，每天干燥4h,最后充气培养20min，硅藻脱落率达99.58%。
此外，在养殖过程中，也可借助抗生素和化学药物进行防治。但在用药过程中存在滥用、误用和不合理使用等问题，破坏了水体中的微生态平衡，导致耐药性微生物增加，由此引发耐药菌的感染。近年来，养殖环境中的耐药菌问题已引起了国内外养殖业者和学者的重视。
