土壤是水产养殖的一个关键因素，但与水源和水质相比，土壤条件所得的关注要少的多。从本质上讲，池塘水就是池塘土壤的沁出液，土质决定水质，所以“养鱼先养水，养水先养土”。
如果池塘土壤处理的不够科学，将导致池塘土壤养殖期间逐年退化而出现“连作障碍”，养殖效果一年不如一年，“新塘旺三年”是南方池塘养殖者的口头禅，也说明池塘土壤处理急需科学化、合理化。
（一）清塘的主要目的
1、减少微生物在养殖过程中氧化、分解底泥有机物所需要的耗氧量，为创造一个良好养殖水体打下底部基础。
在养殖过程中，如果底泥富营养化严重，其结果只有一个：微生物大量繁殖，耗氧量增加，在耗氧量高于溶解氧补充速度时，池塘的水体就只能够进行厌氧代谢，这种条件下将会付出水体亚硝酸盐、氨氮等等厌氧代谢物升高的代价，同时可能会有大量的微生物代谢堆积，引起不吃料等等各种各样的对虾疾病。
2、减少有害微生物、寄生虫以及有害孢子的传播几率。
3、减少杂鱼、虾、浮游动植物、水草、藏泥生物及地栖生物等等。
4、利用紫外线杀灭各种病毒、细菌和寄生虫等等。
（二）清塘的方法
1、冲洗过于厚的底泥。
对过厚和过富营养化的淤泥，不要指望在养殖过程中拼命使用各种各样微生物就可以，通过这些活菌的分解和同化就解决这个问题，那是一个非常耗氧、非常漫长的过程，这个过程还会产生各种各样的微生物排泄物，这些排泄物太多的时候就会明显影响和干扰其他生物的生长。所以：不要把活菌太理想化了，尽可能的在养殖开始前清淤。
清理底部淤泥要注意：不要过度清淤，使池塘露出原来酸性硫酸盐地或盐碱地的底部，这一点在台山等区域尤其要注意。这种酸性硫酸盐池底部需要经彻底干燥后，反复用水漂洗到pH高于5.0以上后才用于养殖。因此，这种池塘干塘后应尽量保留适量的淤泥，不是越干净越好。如果一定要完全清淤，也要保留部分老淤泥，在推好池塘后用那些老淤泥覆盖池底，以保证池底的生产力。
2、充分晒塘
在休塘的时候通过太阳晒塘，让淤泥中的有机物质充分分解、充分氧化或者矿化，是最经济、最有效的改底方法。同时通过晒塘可以杀死寄生虫卵和消毒，也可以让原来非常致密的淤泥产生一定微孔，让微生物有寄生处。
晒塘的过程就是通过阳光、空气的氧气对底部淤泥氧化、分解或者矿化底泥有机物的过程，目的是减少微生物以后在养殖过程中氧化、分解底泥有机物所需要的耗氧量。所以尽可能的充分晒塘是提高养殖过程中水体溶解氧的一个重要手段。
总而言之，一方面，科学养殖不仅需要科学知识，更需要科学手段。必须对池塘土壤进行科学检测、科学处理，才能达到最佳的改良效果。
另一方面，“养鱼先养水，养水先养土”。良好的池塘土壤是养好池塘水质的基本保证，所谓磨刀不误砍柴工，花点时间、精力和费用对池塘土壤进行科学而合理的改良是值得的，只有克服连作障碍，池塘才能可持续进行，池塘养殖业才能可持续发展。
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