众所周知，养殖水体中产生的亚硝酸盐是氨转化为硝酸盐的中间产物。由于虾塘残饵、粪便的积累过多，使氨氮不断产生；加之硝化细菌群的天生惰性和代谢条件的挑剔，所以，当温度相对较低、藻箱不平衡或供氧不足时，硝化细菌群代谢迟缓而导致养殖水体的亚硝酸盐积蓄升高。
氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐都是组分不同的氮源，可被不同的微生物菌群所利用。如果只靠硝化细菌群这些懒家伙有时候就会误事，鉴于大多微生物生长代谢都需求氮源的生物特性，释放不同益生菌群组合改善有效菌群适宜生长代谢的微环境对于降解养殖水体中亚硝酸盐十分有效。
如果像教科书上说的亚硝化细菌群的繁衍速率和生产能力远大于硝化细菌群工作量的话，任何一个养虾塘的亚硝酸盐都会无限度的升高；为什么微生态条件好的虾塘其代谢循环是平衡的；亚硝酸盐不会高起来呢？
研究发现，在虾塘亚硝酸盐处在安全稳定的水体中，降解亚硝酸盐的菌群不止是硝化细菌，一方面是能够直接利用亚硝酸盐为氮源的微生物存在，（如广泛代谢生长类芽孢杆菌、芽孢杆菌、光合细菌甚至和一些藻类），另一方面是硝化细菌群的代谢产物对微环境变化提高了其他微生物群的氮循环促进作用。当水体亚硝酸盐升高时可根据具体情况补充优化培养的硝化细菌外，有针对性的投放一些不同菌种组合的微生物菌种群也是安全降解的有效手段之一。
低温引起亚硝酸盐升高
由于硝化细菌群的适宜生长温度是26℃-34℃，适宜生长的pH是7.0-8.0，当水体条件不在它们的适宜区间；尤其当温度低于20℃时生长代谢极为缓慢，当把亚硝酸盐还原为硝酸盐氮的环节几乎进入休息状态时亚硝酸盐就持续积累而升高，这时就需要外援微生物群的帮助了。
倒藻引起亚硝酸盐升高
藻群生长除了自身的光合作用外；还需要大量的无机营养原，尤其是氮源是不可缺少的元素，不同藻群对氮源的直接消耗和提供溶氧促进亚硝酸盐的转化起到很好的作用，当倒藻发生后短期内失去了对亚硝酸盐消减的帮助群体，也就打破了微生态平衡，亚硝酸盐升高。所以，对虾塘水体微生态修复内容中优化培藻也是不可或缺的手段之一。
不同菌群配备要有共生前提
降解亚硝酸盐的益生菌群的配伍首先要选择有共生机制，有相互依赖相互利用的特性，虽然水体生态维护平衡的生物多样性特点；但降解亚硝酸盐的菌群配伍要选择具有靶向性的精兵强将；避免释放相互抑制拮抗的强势菌群。
比如我们发现了多粘类芽孢杆菌EBL-06株对降解亚硝酸盐效果极好，且又具备兼性厌氧生长的特性，所代谢的多粘菌素又可抑制一些病原菌，是农业部菌种安全分级目录中一级安全菌种，是降解亚硝酸盐的首选，但遗憾的是这个菌株的适宜pH值是6.0-7.0之间，于是，技术人员把植物乳杆菌与之配伍，利用植物乳杆菌给它提供一个兴奋地微环境，它们就可以相互利用自身条件而达到我们预期的效果。
再就是释放不同微生物把氨氮控制在低水平；使转化为亚硝酸盐的原料供应减少。这种方法就是定期投放（淡水投放沼泽红假单胞菌或类球红细菌；海水投放荚膜红假单胞菌或类球红细菌）光合菌群，肥水培藻；同时定期投放（多粘类芽孢杆菌与植物乳杆菌组合）生物底改。
虽如此，对于水产养殖来说当然是亚硝酸盐长期维持在安全值以下才好，即使方法再好；一旦亚硝酸盐升高对于所养殖的水产生物来说已经受到了不同程度的伤害，影响正常生长是肯定的，最好的方法就是制定标准操作规程，使有害物质长期在安全值内。也就是治疗医学和预防医学暴露出不可弥补的缺陷必然推动保健医学发展，微生态学则是保健医学理论和实际应用的基础学科。生命科学的迅速发展必将推动微生态学在保健医学方面的效果体现。
