真菌性疾病主要病种有水霉病（鱼体“长毛”）、鳃霉病（鳃丝发白或点状充血）。
防治方法：
①水霉病。勿使鱼体受伤；放种时用5％食盐水浸种5分钟；灭毒净0.3克/立方米全池泼洒，连续2次；苗种平5克/立方米全池泼洒，五倍子3克/立方米全池泼洒，连续2-3次；食盐水苏打合剂（各0.04％）全池泼洒。
②鳃霉病。换水可缓解病情；使用水中宝、好水素改善水质，抑制鳃霉病；富氯、二溴海因、灭毒净全池泼洒，用量为0.3克/立方米。
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