(1)病毒性病害
主要由病毒感染而引起。其中危害最大的要数由草鱼呼肠孤病毒(草鱼出血病病毒)感染引起的草鱼出血病。其它常见病毒性病害的有：鳖鳃腺炎、虹彩病毒病、弹状病毒病及鳗鱼狂游症和鲤蠢病毒病等。
(2)细菌性病害
主要由细菌感染而引起。危害最大的是由嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和鲁克氏耶尔森氏菌引起的鱼类暴发性出血病(败血症)，从2月底至11月、水温在9～36℃均有流行，尤以水温持续在28℃以上的高温季节最为流行。
(3)寄生虫性病害
主要由寄生虫寄生而引起。常见的有车轮虫病、指环虫病、小瓜虫病、孢子虫病、锚头鳋病、中华鳋病等，一般只在鱼类苗种阶段可发生大规模死亡；寄生在成鱼身上可引起继发性细菌感染而引起死鱼现象。
(4)营养性疾病
现在常见的是指长期投喂的饲料营养不太全面或投喂饲料量过大，造成鱼体内脂肪积累过多，肝脏受到损伤，发生脂肪变性，鱼的免疫能力大大下降，易发生病原性疾病而导致大量死亡。如草鱼肝胆综合症就最为典型。
(5)水质环境因素
主要是因为水质环境中的某些(如氨氮、亚硝酸盐、pH值、溶氧等)指标严重超标，当超过鱼类的忍受范围时，发生大量死亡。以及养殖水体中溶氧不足、不良藻类的大量繁殖、池底酸化等均可引起鱼类疾病的发生，或直接导致鱼类的死亡。
(6)毒性物质作用
有农药中毒、消毒剂或杀虫剂应用不当中毒、药物使用过量中毒、摄食有毒物质中毒等。一般来讲，中毒均有明显的毒物接触史，有些毒物可引起鱼类急性中毒，病势发展迅速，可造成鱼类的大量死亡。另外，鱼类摄食了霉烂变质的饲料，这些物质有较强的毒性，会使鱼类发生食物中毒而大批死亡。
