苗种是水产养殖的关键，六种常见的淡水鱼寄生虫里，其中四种非常喜欢鱼种、水花。了解他们的习性是更好的消灭寄生虫的第一步。有效防治苗种寄生虫也是水产养殖的第一步。
纤毛虫以细菌和有机碎屑为主要饵料,而有机质丰富的水域为纤毛虫的生长和繁殖提供了足够的食物来源。纤毛虫在所有水产养殖品种、各个阶段上都会发生，尤其河蟹与对虾。南方全年都在发生，7-11月为发病高峰期。旧方法均是采用甲醛、硫酸铜溶液等挂袋或外泼，禁用药或重金属药物不值得推荐。建议可以采用主要成分为青蒿的药物，外泼预防，内服治疗，3-7天。
指环虫均为卵生，卵大而少，在温暖季节能不断产卵、孵化。卵的发育与水温有密切关系。指环虫固着盘的锚钩和小钩钩在鳃组织上，剥取鱼的鳃组织细胞和吸取血液为营养。危害品种主要有，草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲈鱼、鳜鱼、罗非鱼等。春末夏初最易感染鱼苗。鱼种放养前，必须进行仔细的浸泡、消毒工作。
孢子虫在鱼体寄生、繁殖和形成胞囊，导致寄生组织器官的损伤，破坏其正常机能，引起相应的症状，影响鱼的生长发育，甚至死亡。一般以寄生在鳃、肠、体表和神经系统的种类危害较大。孢子虫的繁殖时间在夜晚，因此用药在下午5点前后最佳。孢子虫从卵到成虫有5-7天的发育时间，预防用药必须大于3天，治疗时间必须大于7天以防止复发。做好清塘后的底泥消毒工作、购买良好品质不带孢子的鱼苗是预防孢子虫病的基础。
车轮虫寄生在鳃上的车轮虫病是鱼苗鱼种阶段危害较大的鱼病之一。全国各地都有流行，每年5～8月间，繁殖适宜水温为20～28℃，鱼苗、夏花鱼种常因此病而大批死亡。经常用大草或粪肥沤水培育鱼苗鱼种的池塘，水质一般比较脏，也是车轮虫病发生的主要场所。日常养殖过程中，注意及时改底与消毒，尤其在阴雨天气前必须提前预防。多观察鱼体是否有“跑马”现象，预防、治疗用药常备。
斜管虫在全国各养殖地区都可出现，对饲养的淡水鱼类的鱼苗和鱼种危害最大，往往造成极大的经济损失，是一种发病快，来势猛，危害大的幼鱼阶段的常见流行病。该病的发生与水温密切相关，斜管虫最适繁殖水温是12～18℃，初冬和春季最为流行。
鳃隐鞭虫主要危害鱼苗、夏花，大量寄生时可引起病鱼大批死亡引起鱼生病和造成大量死亡的主要是草鱼苗种，尤其在草鱼苗阶段饲养密度大、规格小、体质弱，容易发生此病。每年5～10月份流行。冬春季节，鳃隐鞭虫往往从草鱼鳃丝转移到鲢、鳙鳃耙上寄生，但不能使鲢、鳙发病，因鲢、鳙鱼有天然免疫力成为“保虫寄主”。同时，大鱼对此虫也有抵抗力。
国家专家经过研究证明，中草药——青蒿，对抑制淡水寄生虫有极好的作用，内服亦或是外用，均可达到驱逐寄生的效果，保证治疗浓度与用药长度，即可有效杀死虫体。硫酸铜、甲醛等消毒溶液虽高效，但易杀死鱼体，或导致后期的用药免疫、甚至鱼体畸形等。看起来似乎好，实则伤己害人。
