蓝藻喜高温、强光、多静止的淡水水体，常见的种类有微囊藻、囊球藻、鱼腥藻、拟鱼腥藻等。多数种类有固氮作用，因而缺氧环境其它藻类不能生活时，唯有蓝藻可大量繁殖。
蓝藻的危害：
1、蓝藻死后会放出大量的有毒物质，较活体时危害更大；
2、蓝藻生长繁殖过程中释放出一定的有害含氮化合物，有臭水的感觉；
3、多数蓝藻不易被养殖动物利用，因而蓝藻多的水体养殖动物生长慢；
4、蓝藻易漂浮于水面，抑制了水层中其他藻类的繁殖，因而表层下水常是清的，水体的净水能力较弱，底易臭。
控制方法：
1、清淤或不用沙底养殖。老的池塘留有大量的蓝藻种子沉在底泥中，不清淤无法控制；沙底池塘易出现蓝藻。
2、不用含蓝藻丰富的水源。有的地区水源中多为蓝藻，这样的水进入池塘后很难再控制。
3、水位不宜过深（小于1.2米），池边使用车轮式增氧机，以培养绿藻硅藻，减少蓝藻的繁殖。
4、泼洒氨基酸营养膏等多氮少磷的肥料，促进其它藻类的繁殖。
5、经常性泼洒苔灭蛭安露抑制蓝藻。
6、泼洒超浓缩光合细菌粉、EM冻干粉对蓝藻有一定的抑制作用。
7、待蓝藻随风吹到池边，用
苔灭蛭安露
加少量水打成泡沫，将泡沫泼洒在蓝藻多的水面处，数小时后蓝藻死亡沉入底部，再抛洒适量佳底氧或塘底爽改底，防止底臭。但不可全池处理，以避免过多的蓝藻死亡造成水质严重恶化。8、无法控制时，可适当降低水位，增加投饵。由于蓝藻为主的水体较为稳定，且浅水蓝藻为主的池塘溶氧较为充足，退一步减少其副作用还是较好的方法。千万不可用杀藻剂大量杀灭，否则后果严重。
