现已发现可寄生在甲壳动物体的微孢子虫有100多种，常见有八孢子虫、匹里虫等。虾体寄生微孢子虫后，肌肉变白浑浊、不透明，失去弹性，又称“棉花虾”。微孢子虫病是慢性病，会使虾逐渐衰弱、死亡，如不处理，死亡率可达50％。
防治方法：保持水质清洁，彻底消毒杀死水中虫体，防止随水传入病原，发现死虾捞起，防止再被健康虾食用而传染。
2）纤毛虫病
纤毛虫病是由纤毛动物在虾体内外寄生引起的病症，主要的种类有聚缩虫、钟形虫、累枝虫等，使虾体受损，进而继发细菌等病原体感染。一般虫体数量较少时没有明显症状，它们会随虾的蜕壳除去，当数量较多时，可刺激血细胞，导致鳃变黑、坏死，鳃丝脱落或覆盖鳃表面影响呼吸和分泌，造成虾抵抗力下降。患病个体活力差，摄食下降，发育停止，最终会引起死亡。对小虾影响较大。
防治方法：
①保持水质清新，勤换水。
②每立方米水体用福尔马林10～20毫升药液全池泼洒。
③每立方米水体用10～15克茶子饼，促进蜕皮。
④使用优质饲料。
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