海水对虾养殖业自20世纪90年代以来，一直受病毒病的困扰，使生产受到极大影响。而将新对虾驯养在淡水中，控制了高盐度环境下才能大量繁殖的强毒弧菌等病原菌及病毒的生长，从而减少了疾病的发生。有人曾在淡水驯养新对虾中做过感染病毒试验，养殖在海水塘中的新对虾，8月下旬开始发病，到9月中旬基本死完，而淡水塘中的新对虾却未发病；用海水虾池因病死亡的新对虾肝胰脏投喂养殖在淡水中的新对虾仍发病死亡，而对照的新对虾投喂颗粒饲料却未发病。可见，在淡水中饲养新对虾，若投喂带病毒的饲料，仍有可能发生对虾杆状病毒病。因此，淡水驯养新对虾，应尽量不投喂海产小杂鱼，以免感染病毒。目前，南方最经济有效的办法是投喂福寿螺肉，来源广，价格低，变害为利，既能满足新对虾生长所需营养，又可避免底质水质恶化，减少病害发生。
淡水驯养新对虾改变了成虾栖息的生态环境，疾病少，但在饲养40～50天后，养虾池内的敌害生物会逐渐增多，这时必须及时清除，选用的药物多为茶麸。使用时将茶麸捣碎，再用热水浸泡12小时左右，按茶麸干重，每立方米水体用茶麸15～25克，全池泼洒，既能杀死虾池内的杂鱼，又不会影响新对虾的生长。
在新对虾人工育苗阶段，由于是用海水育苗，要特别重视疾病防治。
预防疾病首先要从亲虾开始。应挑选健康无病的亲虾，亲虾进入产卵池前必须进行严格的消毒。常用方法是每吨水用福尔马林20克，浸浴3分钟；或用硫酸铜和福尔马林各10克混合液，浸浴10分钟。最好配备专用产卵池，产卵后翌日把卵收集起来，每吨水用高锰酸钾或福尔马林10克，消毒1～2分钟，然后移入幼体培育池孵化，以防亲虾携带的病原体随卵进入幼体培育池。育苗用水均经含氯消毒剂处理，经充分曝气除氯后使用，最好还用海沙过滤。
一旦发现疾病要及时镜检做出准确诊断，以便对症下药。弧菌病治疗药物有土霉素(每吨水用药2～5克)和百炎净(每吨水用药1.0～1.5克)。聚缩虫病治疗药物有高锰酸钾(每吨水用药2～5克)、福尔马林(每吨水用药5克)。治疗期间不要专一使用一种药物，应间隔交
替使用才能达到最佳的治疗效果。施药治疗的同时应适当加入淡水调低池水比重。比重的降低既可抑制细菌的繁殖生长，又可刺激幼体同步蜕皮生长。实践证明，施药和注入淡水调低池水比重的综合防治措施比单纯施药效果更佳，可起封事半功倍的作用。
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