1.环境的消毒。首先要进行彻底的清扫和清洗。对洪水淹过的猪舍要清除淤积的泥土、砂石、粪便、垃圾及各种污物。按照一定顺序进行清扫和清洗，先从棚顶、后墙壁、再地面，从猪舍的远端到门口，先室内后室外逐步进行，不留死角。经认真彻底清扫和清洗，不但可以清除大部分病原体，而且可以大大减少粪便、垃圾等有机物的数量，有利于化学消毒剂发挥作用。彻底清扫清洗后即可进行化学消毒。一般要求使用2～3种不同作用类型的消毒药，进行2～3次消毒。环境消毒后，喷洒微生态环境改良剂，使大量益生菌覆盖在畜舍内外表面，抑制有害微生物滋生，改善环境。
2.猪体的消毒。猪体进行喷雾消毒，比较全面彻底，既能直接杀灭隐藏于猪舍内环境，包括空气中的病原微生物，又能直接杀灭猪体表、呼吸道浅表滞留的病原体。对猪瘟、口蹄疫等有良好的预防作用；对细菌性疾病，如猪葡萄球菌、附红细胞体、大肠杆菌等有很好的防治作用。喷洒消毒后，在畜舍内再次喷洒微生态环境改良剂，不仅改善微生态环境，还能沉降粉尘、防暑降温、提供湿度、净化空气、改善猪舍环境的空气质量。
3.养猪场各种用具的消毒。养猪场各种用具、用品很多，这些用具及用品的材质、用途各不相同，因此采用消毒方法也不一致。工具类可用高锰酸钾熏蒸，饲槽、水槽、水桶及盆等，要先用2%火碱刷洗，然后再用清水冲洗使用；车辆（包括汽车、四轮车、手推车等）要进行喷洒，工作服要清洗后消毒或可用紫外线灯照射均可。洪水过后要认真做好消毒工作。
4.对病死、溺死的猪无害化处理。水灾过后，不少猪被洪水冲散，而引起发病，发生大批死亡。死亡猪体内带有大量的致病微生物。如不及时进行无害化处理，任其腐烂、霉变，发出恶臭的气味，病菌会随水流淌，并随空气到处扩散，传播疾病，不仅污染环境，还容易引起人、畜疫病大流行。对死亡猪的尸体，最简单的处理方法是深埋。深埋应选择高岗地带，坑深在2米以上，尸体入坑后，撒上石灰或消毒药，覆盖一层厚土。如果有条件的可以焚烧。在洪水中死亡猪的尸体，一律禁止食用或出售。
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