有机肥在苹果树上的作用是不可替代的。一是所含营养成分丰富、全面，是任何一种化肥种类所不具备的；二是能改良土壤；三是有利于促进土壤中微生物的活动，加速土壤中生物小循环过程，有利于果树的生长发育；四是有机肥料在分解过程中能够产生大量的有机酸，可以使一些难溶性养分变为可溶性养分，从而提高土壤养分的利用率。因此，必须重视对果园有机肥料的使用。有机肥的施用量一般要求和果树产量等量施用或倍量施入。
有机肥为完全肥料，但养分主要以有机状态存在，都要经过腐熟分解后才能被苹果树吸收利用，但目前施用有机肥多采用边积边运，随运随施，如人畜粪尿，堆肥等，未经腐熟分解直接施入。直接施入未腐熟的有机肥，不但未能及时提供养分供苹果树吸收利用，影响其正常的生长发育，还会因腐熟分解过程中产生的有害物质而伤害苹果树根系，而且经腐熟分解的肥效发挥与苹果树的需肥时间又很难一致，常常造成肥效流失或浪费。
由于有机肥普遍欠缺，苹果园施肥主要依赖化肥。绝大多数果园有机肥投入不足，极少数果园的有机肥投入占到全年肥料投入总额的30%左右，好的果园也仅占到50%左右，绝大多数果园还是以氮磷钾复合肥为主。化肥具有养分含量高、肥效快等特点，但养分单一，且不含有机肥，肥效期短，长期单独使用，易使土壤板结，土质变坏。在施肥中，偏重施氮肥，如尿素、碳酸氢氨等，过多的氮肥还影响苹果树对钙、钾的吸收，使树体营养失调，芽体不饱满，叶片大而薄，枝条不能及时停长，花芽形成难，果实着色差，风味淡且有异味，痘斑病、水心病普遍发生，储藏性下降，表现出明显的缺钙症状。特别是红富士品种，对氮肥敏感，施氮肥过多，果实品质明显下降。近年消费者强烈反映红富士苹果品质下降，不好吃，也不耐储，其主要原因就是氮肥过多所致。过多施氮肥可使树体抗性降低，诱发腐烂病、白粉病等。欧洲专家在考察我国苹果园现状后认为，氮肥过多是造成产量、质量不高的主要原因之一。对此，应引起我们的高度重视。
果树的生长发育需要吸收多种营养元素，除了大量元素外，微量元素也很重要，若缺乏则易患缺素症。同时，各种元素间还存在着相助或拮抗作用。如苹果树施氮肥后，树体内含氮量增加的同时，对镁的吸收也多；反之当含氮量低时，对镁吸收减少。而氮与钾、硼、铜、锌、磷等元素含量就相应减少。相反，对苹果树施少量的氮肥，叶中的钾素含量增多，且土壤中氮含量减少，对钾肥吸收就越多，甚至导致因钾素过剩。氮肥施用过量，如不相应的增加钾、镁肥，则抑制对钾、镁的吸收，出现钾、镁不足。而钾素过多，对钙、镁吸收就减少；相反，低量钾肥可提高树体中钙、镁的含量。缺钙时，不利于氨离子吸收；过多，土壤呈偏碱性，使铁、锰、锌、硼等变为不溶性，导致缺素症的发生。然而在实际生产中，有些果农不注意或不了解肥料的平衡作用，在施肥时往往以氮、磷为主，其它元素施用较少，导致缺素症的发生，苹果产量不高，品质下降。要改变这种状况，就必须了解肥料种类，进行合理施肥，以免果树缺素症的发生。
苹果树的需肥时期与其生长节奏密切相关。而一些果农施肥不是以苹果树的需要为前提，而是以资金、劳力等人为因素确定施肥时期，因而达不到施肥的预期目的，有时还会适得其反造成损害。这几年，不少果园将秋施肥推移至春季施，打破了苹果树的“生物钟”。由于养分不能及时转化分解被根系吸收，供给树体春季需肥高峰期利用，而延迟到夏末初秋，肥效才得以充分发挥，使春稍生长不能及时停止，即使中、短枝停长不久又二次萌生，直接影响果实发育，降低品质和硬度，失去了施肥意义。
大多数果园基肥施用时间都是在红富士苹果采收后施用基肥，错过了秋施基肥的最佳时机。此时地温下降，根系活动处于停止，肥料利用率大大降低，相对的增加了生产成本。落叶后施肥和春施基肥，肥效发挥慢，对果树春季开花坐果和新梢生长作用较小，不利于花芽分化，是不科学的。
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