高锰酸钾溶液具有很强的杀菌、消毒及防腐作用。有试验证明，用其不同浓度的溶液防治花卉苗期霜霉病、软腐病、枯萎病、根腐病、病毒病等多种病害，效果非常显著。同时，它含有植物所必需的锰和钾2种营养元素，是一种药肥兼用，无毒、无残留、无公害蔬菜、花卉难得的杀菌剂。其在植物病防治方面主要有：
防治霜霉病实践证明，用高锰酸钾防治植物霜霉病具有良好的效果，明显优于百菌清、代森锌等农药。如瓜叶菊在出苗后2叶1心到开花前用高锰酸钾800-600倍液喷雾，5-7天1次，连喷4次，可有效预防霜霉病的发生。倘若出现中心病株，用高锰酸钾600倍液连喷3次，间隔期为5天，对霜霉病具有良好的防治效果。
防治软腐病高锰酸钾可有效防治一串红、金鱼草、万寿菊的软腐病。如播种前高温清水预浸1小时后，捞出再放入高锰酸钾1000倍液中浸种2小时，并在苗期用800-600倍液喷洒3-4次，可有效防治软腐病，并可兼治霜霉病。
防治病毒病用高锰酸钾防治植物病毒病的效果显著优于病毒A、菌毒清等农药。在发病初期，用600-800倍液，对全株进行喷雾，5-7天一次，连喷3-4次。但应注意防治病毒病前，应先对植株上的刺吸式害虫进行防治，以防昆虫传毒。
播种土消毒将高锰酸钾配成800-1000倍溶液，用喷雾器进行细致喷洒，喷后用塑料薄膜覆盖7天，用此药土进行播种可有效预防植物苗期的立枯病、茎腐病、猝倒病等。
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