覆膜栽培对于保温、保墒、保肥，促进大田作物早熟增产有着明显效果。为了使覆膜栽培更好地发挥作用，常在覆盖薄膜前施足底（基）肥，提高供肥能力。但覆膜施用底肥，效果往往有很大差异，其中原因有以下几点：
一是有些农户为了急于求得高产，过量施用底肥，造成植株陡长。如，地膜西瓜底肥过多后，瓜蔓营长生长旺，但结瓜迟、结瓜少；二在干旱时节施用底肥。由于土壤缺墒，同样种植西瓜，肥料分解释放缓慢，生长发育受抑制，增产效果不显著；三是底肥施用量不足。如种植花生，前期长势较好，但花生采收后地力随之下降；四是施尚未完全腐熟的有机肥作底肥。易产生烂种、烧苗现象；五是施肥后盖膜不严或者打孔放苗时孔洞过大，削弱了保肥能力；六是重视底肥忽视追肥。如棉花前期容易旺长，后期供肥出现断档造成早衰。
农作物在覆盖薄膜施肥可采取以下措施
适当提高底肥用量覆盖塑料薄膜栽培的农作物，一般比露地栽培的要增产20—30%，最高的增产50%，但覆膜栽培比露地栽培的农作物生长势较强，吸收的养分要多15—20%，因此，覆膜栽培应比露地栽培底肥的施用量，要相应增加20—30%，其中以增加磷、钾肥为主，配施中量元素和微量元素，酌增氮素肥料，特别要控制碳酸氢铵，一防作物疯长，二防幼苗中毒。
适墒配比施肥一要精细整地，无墒或缺墒时切忌施用底肥，土壤含水量要达到手捏成团落地即散的标准为好；二是要注意配比施肥，对生育期短的作物，底肥追肥比例以8：2为宜，对生育期较长的作物，底肥追肥比例以7：3或6：4为宜；三是有机肥须腐熟之后才能施用。
讲究盖膜及追肥方法覆盖薄膜时，一要墒情适度时才能盖膜；二要将膜边扎严，不能漏盖；三要打小孔放苗，及时用土将膜孔周边薄膜盖严。追肥方法，一是大棚内采用两膜重叠覆盖的作物，可以揭开薄膜施肥，如草莓、茄子等；二是在畦边开小沟追肥，然后细水浸灌；三是在两作物的距离中间打孔追施化肥；四是于作物的根际追施水粪或液体肥料；五是根外喷施叶面肥。
及时化学调控采用覆膜栽培的作物，在生育过程中，由于底肥较足足，常有旺长的现象发生，为了协调养分平衡分配，要视长势进行化学调控，如地膜棉花蕾期出现旺长，可用延缓型的植物生长调节剂缩节胺或助壮素喷施，如花生出现旺长，可喷施多效唑或比久加以控制。
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